<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content=text/html;charset=iso-8859-7>
<META content="MSHTML 6.00.6000.16788" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY id=MailContainerBody 
style="PADDING-RIGHT: 10px; PADDING-LEFT: 10px; PADDING-TOP: 15px" leftMargin=0 
topMargin=0 CanvasTabStop="true" name="Compose message area">
<DIV><FONT face=Calibri>Hi.I have recently installed Gromacs-3.3.3. &amp;&nbsp;I 
want to study protein folding&nbsp;on a small protein.Where should I get more 
information about protein folding in Gromacs, what has been done up until now 
&amp; how was it done(except the manual)? I tried but I didn&#8217;t find a lot.What 
kind of force field it is used? I found that implicit models are not suggested 
for Gromacs. What about coarse-grained models? Can I use such models in 
Gromacs?Or an all-atom model should be used?I found smth about the MARTINI model 
in studies of more complex protein-lipids models. But what about trying to fold 
a single peptide on a reasonable time-scale? I am trying to find a way to get 
started..Any advice would be apreciated.Thanks!</FONT></DIV></BODY></HTML>