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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>For my test system it works with those modfications.<br><br>Can you file a bugzilla entry and attach all the files necessary<br>for running grompp?<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Thu, 22 Jan 2009 21:48:41 -0500<br>&gt; From: fiedler@umich.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] Segmentation fault preprocessing with pull_geometry =        cylinder<br>&gt; <br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; I modified the changes to the source code as suggested by Dr. Hess and <br>&gt; recompiled Gromacs.  The grompp output appears to have advanced by one <br>&gt; line (output below), however the process still terminates with a <br>&gt; segmentation fault.  Additional suggestions or ideas for diagnostics <br>&gt; would be appreciated.<br>&gt; <br>&gt; Thank you,<br>&gt; <br>&gt;     Steve Fiedler<br>&gt; <br>&gt; Bottom 3 lines of grompp output:<br>&gt; Using a fourier grid of 27x36x63, spacing 0.119 0.117 0.120<br>&gt; Pull group  natoms  pbc atom  distance at start     reference at t=0<br>&gt; Segmentation fault<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; &gt; *Berk Hess* gmx3 at hotmail.com <br>&gt; &gt; &lt;mailto:gmx-users%40gromacs.org?Subject=%5Bgmx-users%5D%20Segmentation%20fault%20preprocessing%20with%20pull_geometry%0A%09%3D%09cylinder&amp;In-Reply-To=49778A7E.9010804%40umich.edu&gt;<br>&gt; &gt; /Thu Jan 22 10:10:32 CET 2009/<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;     * Previous message: [gmx-users] Segmentation fault preprocessing<br>&gt; &gt;       with pull_geometry = cylinder<br>&gt; &gt;       &lt;http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-January/039119.html&gt;<br>&gt; &gt;     * Next message: [gmx-users] Abu added you as a friend on<br>&gt; &gt;       Reunion.com!<br>&gt; &gt;       &lt;http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-January/039121.html&gt;<br>&gt; &gt;     * *Messages sorted by:* [ date ]<br>&gt; &gt;       &lt;http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-January/date.html#39126&gt;<br>&gt; &gt;       [ thread ]<br>&gt; &gt;       &lt;http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-January/thread.html#39126&gt;<br>&gt; &gt;       [ subject ]<br>&gt; &gt;       &lt;http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-January/subject.html#39126&gt;<br>&gt; &gt;       [ author ]<br>&gt; &gt;       &lt;http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-January/author.html#39126&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; It seems that I have only tested the cylinder option after the very first implementation<br>&gt; &gt; of the domain decomposition.<br>&gt; &gt; There are two obvious bugs:<br>&gt; &gt; On line 967 of src/mdlib/pull.c ind_loc should be snew'ed instead of ind.<br>&gt; &gt; On line 170 of src/mdlib/pullutil.c the loop should go to 1+pull-&gt;ngrp, not 1+pull-&gt;ngrp+1.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; With those changes it runs for me.<br>&gt; &gt; But please check that your results are correct, I have not properly tested the cylinder option.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;/ Date: Wed, 21 Jan 2009 15:50:06 -0500<br>&gt; &gt; /&gt;/ From: fiedler at umich.edu &lt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users&gt;<br>&gt; &gt; /&gt;/ To: gmx-users at gromacs.org &lt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users&gt;<br>&gt; &gt; /&gt;/ Subject: [gmx-users] Segmentation fault preprocessing with pull_geometry =        cylinder<br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ Dear all,<br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ On transitioning from Gromacs version 3.3.3 to 4.0.3, I have encountered <br>&gt; &gt; /&gt;/ a segmentation fault (output  below)  preprocessing a constraint force <br>&gt; &gt; /&gt;/ calculation, while using the pull code with the "pull_geometry = <br>&gt; &gt; /&gt;/ cylinder" option in the mdp file.  This problem appears is reproducible <br>&gt; &gt; /&gt;/ on 32 and 64 bit architecture systems, and is present using both single <br>&gt; &gt; /&gt;/ and double precision versions of the grompp executable.  Alternative <br>&gt; &gt; /&gt;/ pull options (constraint, umbrella, and constant_force) also generated <br>&gt; &gt; /&gt;/ this error.  This calculation can be successfully run using Gromacs <br>&gt; &gt; /&gt;/ version 3.3.3 with the below ppa file options.<br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ Suggestions would be appreciated. <br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ Thank you,<br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/    Steve Fiedler<br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ Gromacs 4.0.3 mdp pull options:<br>&gt; &gt; /&gt;/ pull = constraint<br>&gt; &gt; /&gt;/ pull_geometry = cylinder<br>&gt; &gt; /&gt;/ pull_r1 = 1<br>&gt; &gt; /&gt;/ pull_r0 = 1.5<br>&gt; &gt; /&gt;/ pull_dim = N N Y<br>&gt; &gt; /&gt;/ pull_vec1 = 0 0 1<br>&gt; &gt; /&gt;/ pull_group1 = Buk<br>&gt; &gt; /&gt;/ pull_group0 = Ref<br>&gt; &gt; /&gt;/ pull_init1 =  .4<br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ Gromacs 3.3.3 ppa file:<br>&gt; &gt; /&gt;/ runtype = constraint<br>&gt; &gt; /&gt;/ reftype = dynamic<br>&gt; &gt; /&gt;/ r = 1.<br>&gt; &gt; /&gt;/ rc = 1.5<br>&gt; &gt; /&gt;/ pull_dim = N N Y<br>&gt; &gt; /&gt;/ constraint_direction = 0 0 1<br>&gt; &gt; /&gt;/ group_1  = BUK<br>&gt; &gt; /&gt;/ reference_group = Ref<br>&gt; &gt; /&gt;/ constraint_distance1 = 0.400<br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ Preprocessing output for Gromacs 4.0.3 calculation:<br>&gt; &gt; /&gt;/ bash-3.2$ grompp_d -n index.ndx <br>&gt; &gt; /&gt;/                          :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:<br>&gt; &gt; /&gt;/  <br>&gt; &gt; /&gt;/                                Grunge ROck MAChoS<br>&gt; &gt; /&gt;/  <br>&gt; &gt; /&gt;/                             :-)  VERSION 4.0.3  (-:<br>&gt; &gt; /&gt;/  <br>&gt; &gt; /&gt;/  <br>&gt; &gt; /&gt;/       Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>&gt; &gt; /&gt;/        Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>&gt; &gt; /&gt;/              Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>&gt; &gt; /&gt;/             check out http://www.gromacs.org for more information.<br>&gt; &gt; /&gt;/  <br>&gt; &gt; /&gt;/          This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&gt; &gt; /&gt;/           modify it under the terms of the GNU General Public License<br>&gt; &gt; /&gt;/          as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>&gt; &gt; /&gt;/              of the License, or (at your option) any later version.<br>&gt; &gt; /&gt;/  <br>&gt; &gt; /&gt;/                      :-)  grompp_d (double precision)  (-:<br>&gt; &gt; /&gt;/  <br>&gt; &gt; /&gt;/ Option     Filename  Type         Description<br>&gt; &gt; /&gt;/ ------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; /&gt;/   -f     grompp.mdp  Input, Opt.  grompp input file with MD parameters<br>&gt; &gt; /&gt;/  -po      mdout.mdp  Output       grompp input file with MD parameters<br>&gt; &gt; /&gt;/   -c       conf.gro  Input        Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>&gt; &gt; /&gt;/   -r       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>&gt; &gt; /&gt;/  -rb       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>&gt; &gt; /&gt;/   -n      index.ndx  Input, Opt!  Index file<br>&gt; &gt; /&gt;/   -p      topol.top  Input        Topology file<br>&gt; &gt; /&gt;/  -pp  processed.top  Output, Opt. Topology file<br>&gt; &gt; /&gt;/   -o      topol.tpr  Output       Run input file: tpr tpb tpa<br>&gt; &gt; /&gt;/   -t       traj.trr  Input, Opt.  Full precision trajectory: trr trj cpt<br>&gt; &gt; /&gt;/   -e       ener.edr  Input, Opt.  Energy file: edr ene<br>&gt; &gt; /&gt;/  <br>&gt; &gt; /&gt;/ Option       Type   Value   Description<br>&gt; &gt; /&gt;/ ------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; /&gt;/ -[no]h       bool   no      Print help info and quit<br>&gt; &gt; /&gt;/ -nice        int    0       Set the nicelevel<br>&gt; &gt; /&gt;/ -[no]v       bool   yes     Be loud and noisy<br>&gt; &gt; /&gt;/ -time        real   -1      Take frame at or first after this time.<br>&gt; &gt; /&gt;/ -[no]rmvsbds bool   yes     Remove constant bonded interactions with <br>&gt; &gt; /&gt;/ virtual<br>&gt; &gt; /&gt;/                             sites<br>&gt; &gt; /&gt;/ -maxwarn     int    0       Number of allowed warnings during input <br>&gt; &gt; /&gt;/ processing<br>&gt; &gt; /&gt;/ -[no]zero    bool   no      Set parameters for bonded interactions without<br>&gt; &gt; /&gt;/                             defaults to zero instead of generating an error<br>&gt; &gt; /&gt;/ -[no]renum   bool   yes     Renumber atomtypes and minimize number of<br>&gt; &gt; /&gt;/                             atomtypes<br>&gt; &gt; /&gt;/  <br>&gt; &gt; /&gt;/ Ignoring obsolete mdp entry 'title'<br>&gt; &gt; /&gt;/  <br>&gt; &gt; /&gt;/ Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.5#<br>&gt; &gt; /&gt;/ checking input for internal consistency...<br>&gt; &gt; /&gt;/ processing topology...<br>&gt; &gt; /&gt;/ Generated 224 of the 378 non-bonded parameter combinations<br>&gt; &gt; /&gt;/ Generating 1-4 interactions: fudge = 0.125<br>&gt; &gt; /&gt;/ Generated 377 of the 378 1-4 parameter combinations<br>&gt; &gt; /&gt;/ Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'ADMP'<br>&gt; &gt; /&gt;/ Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'ACHO'<br>&gt; &gt; /&gt;/ Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'AWAT'<br>&gt; &gt; /&gt;/ Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'BUKY'<br>&gt; &gt; /&gt;/ processing coordinates...<br>&gt; &gt; /&gt;/ double-checking input for internal consistency...<br>&gt; &gt; /&gt;/ renumbering atomtypes...<br>&gt; &gt; /&gt;/ converting bonded parameters...<br>&gt; &gt; /&gt;/ initialising group options...<br>&gt; &gt; /&gt;/ processing index file...<br>&gt; &gt; /&gt;/ Making dummy/rest group for T-Coupling containing 6848 elements<br>&gt; &gt; /&gt;/ Pull group 0 'Ref' has 2266 atoms<br>&gt; &gt; /&gt;/ Pull group 1 'Buk' has 60 atoms<br>&gt; &gt; /&gt;/ Making dummy/rest group for Acceleration containing 6848 elements<br>&gt; &gt; /&gt;/ Making dummy/rest group for Freeze containing 6848 elements<br>&gt; &gt; /&gt;/ Making dummy/rest group for Energy Mon. containing 6848 elements<br>&gt; &gt; /&gt;/ Making dummy/rest group for VCM containing 6848 elements<br>&gt; &gt; /&gt;/ Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 13752.00<br>&gt; &gt; /&gt;/ Making dummy/rest group for User1 containing 6848 elements<br>&gt; &gt; /&gt;/ Making dummy/rest group for User2 containing 6848 elements<br>&gt; &gt; /&gt;/ Making dummy/rest group for XTC containing 6848 elements<br>&gt; &gt; /&gt;/ Making dummy/rest group for Or. Res. Fit containing 6848 elements<br>&gt; &gt; /&gt;/ Making dummy/rest group for QMMM containing 6848 elements<br>&gt; &gt; /&gt;/ T-Coupling       has 1 element(s): rest<br>&gt; &gt; /&gt;/ Energy Mon.      has 1 element(s): rest<br>&gt; &gt; /&gt;/ Acceleration     has 1 element(s): rest<br>&gt; &gt; /&gt;/ Freeze           has 1 element(s): rest<br>&gt; &gt; /&gt;/ User1            has 1 element(s): rest<br>&gt; &gt; /&gt;/ User2            has 1 element(s): rest<br>&gt; &gt; /&gt;/ VCM              has 1 element(s): rest<br>&gt; &gt; /&gt;/ XTC              has 1 element(s): rest<br>&gt; &gt; /&gt;/ Or. Res. Fit     has 1 element(s): rest<br>&gt; &gt; /&gt;/ QMMM             has 1 element(s): rest<br>&gt; &gt; /&gt;/ Checking consistency between energy and charge groups...<br>&gt; &gt; /&gt;/ Calculating fourier grid dimensions for X Y Z<br>&gt; &gt; /&gt;/ Using a fourier grid of 27x36x63, spacing 0.119 0.117 0.120<br>&gt; &gt; /&gt;/ Segmentation fault<br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ -- <br>&gt; &gt; /&gt;/ Steve Fiedler, Ph.D.<br>&gt; &gt; /&gt;/ Research Fellow<br>&gt; &gt; /&gt;/ Department of Mechanical Engineering<br>&gt; &gt; /&gt;/ The University of Michigan<br>&gt; &gt; /&gt;/ 2024 G.G. Brown<br>&gt; &gt; /&gt;/ 2350 Hayward St.<br>&gt; &gt; /&gt;/ Ann Arbor, MI 48109-2125<br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ <br>&gt; &gt; /&gt;/ _______________________________________________<br>&gt; &gt; /&gt;/ gmx-users mailing list    gmx-users at gromacs.org &lt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users&gt;<br>&gt; &gt; /&gt;/ http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; /&gt;/ Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; /&gt;/ Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; /&gt;/ www interface or send it to gmx-users-request at gromacs.org. &lt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users&gt;<br>&gt; &gt; /&gt;/ Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; /<br>&gt; &gt;   <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />See all the ways you can stay connected <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>to friends and family</a></body>
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