<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><div>Actually I thought that if I don't exclude interactions, it would make mdrun crash. I read in the mailing list that for using freeze option, I have to exclude interactions, use comm_mode=none and use NVT conditions (although I tried NPT too and it worked). Maybe I was missing something.<br></div><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;"><br>Thank you Berk. I will do your suggestions.<br><br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font face="Tahoma" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b>
 Friday, January 23, 2009 4:34:05 AM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> RE: [gmx-users] Domain Decomposision and Frozen Groups<br></font><br>


<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;padding:0px;}
body.hmmessage
{
font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</style>

Hi,<br><br>No, if you need to freeze two proteins you do not have to exclude interactions.<br>Excluding interactions will make you simulation slightly faster,<br>but freeze groups freeze a group, even if there are forces working on it<br>(if there were no forces working, you would not need freeze groups in the first place).<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Thu, 22 Jan 2009 15:51:49 -0800<br>From: resal81@yahoo.com<br>Subject: Re: [gmx-users] Domain Decomposision and Frozen Groups<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>

<style>
.ExternalClass DIV
{}
</style><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;"><div>Thank you Berk!<br><br>Actually I need to freeze two proteins so I have to exclude interactions. I already tried to use PME and energygrps_excl together, but grompp used to give me this warning:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy groups<br>which is related to PME (I think it is necessary for me to stick with PME because I mainly want study electrostatic interactions). When I searched the mailng list, some people had suggested that if I want to use PME with frozen groups, I have to use [exclusions] in the topology file. So I did. Any hint for a better workaround? Because I am using a thermodynamic cycle, I am thinking of ignoring this warning...<br></div><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;"><br>I am trying to
 understand the domain decomposition method. Indeed I already encountered same error message for small peptides and I figured it out that if I make the box bigger, decomposition would work well. I will try bigger boxes for my proteins, but I have no clear idea about how much bigger the box should be...<br><br>Thanks<br><br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font face="Tahoma" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Thursday, January 22, 2009 4:59:09 PM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> RE: [gmx-users] Domain Decomposision and Frozen Groups<br></font><br>


<style>
.ExternalClass .EC_hmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.EC_hmmessage
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</style>

Hi,<br><br>The exclusions in the topology introduce long range interactions<br>that require large domain decomposition cells.<br>The md.log of 4.0.3 will tell you this.<br>Remove all those exclusions and add energygrp exclusions in the mdp file.<br>(Or do not use exclusions at all)<br><br>Berk<br><br><hr id="EC_stopSpelling">Date: Thu, 22 Jan 2009 12:37:24 -0800<br>From: resal81@yahoo.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] Domain Decomposision and Frozen Groups<br><br>

<style>
.ExternalClass DIV
{}
</style><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);"><div>Hi everyone;<br><br>I am trying to do some simulation using frozen groups on an 8 core computer. I have tow boxes: <br><br>1) Box 1 has two proteins and both of them are kept frozen (I used [exclusions] directive in topology file to exclude the interactions in each frozen group, NVT). <br><br>2) Box 2 has those two proteins but without being frozen (no use of [exclusions] and freeze options). <br><br>Here is the mdp file:<br>=========================================================<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; sd<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.002<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; 50000<br>comm_mode =
 None<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.12<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1e-6<br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; Switch<br>rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9<br>DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; EnerPres<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;=
 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 500<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; 500<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; 500<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= &nbsp;&nbsp;&nbsp; 500<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>xtc-precision&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = system<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 310<br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp; = chainC chainF SOL&nbsp; ; these three lines were commented out for the box 2 simulation<br>freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp; = chainC
 chainF<br>freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Y Y Y Y Y Y<br>=========================================================<br><br><br><br><br>I used this command to run the simulations:<br>mpiexec -n 8 mdrunmpi -s eqvspc.tpr -c eqvspc.gro -o eqvspc.trr -x eqvspc.xtc -g eqvspc.log -e eqvspc.edr<br><br>It works for the box two (no freeze), but for box 1 gives me this error:<br>=========================================================<br>Back Off! I just backed up eqvspc.log to ./#eqvspc.log.11#<br>Reading file eqvspc.tpr, VERSION 4.0.3 (single precision)<br>-------------------------------------------------------<br>Program mdrunmpi, VERSION 4.0.3<br>Source code file: domdec.c, line: 5858<br><br>Fatal error:<br>There is no domain decomposition for 8 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 6.25692 nm<br>Change the number of nodes or mdrun option -rdd or -dds<br>Look in the log file for details on the domain
 decomposition<br>-------------------------------------------------------<br>Error on node 0, will try to stop all the nodes<br>Halting parallel program mdrunmpi on CPU 0 out of 8<br>==========================================================<br><br>The serial version of mdrun works with box 1.<br>I searched the user mailing list and found that some people had similar problem with restraints in the past. I tried to use some -rdd and -dds values, but without any success. Can you please point out where is the source of this error and how I can get domain decomposition and frozen (or restraint) groups to work.<br><br>Any help or hint is highly appreciated!<br><br>Reza Salari<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br></div></div><br><br><hr>Express yourself instantly with MSN Messenger! <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/">MSN
 Messenger</a></div></div></div><br><br><hr>Express yourself instantly with MSN Messenger! <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/">MSN Messenger</a></div></div></div><br>



      </body></html>