Hi,<br><br>is there a smart way to build the topology (topol.top) for a branched polymer? In this case I try to build Lignin. The problem is that I need to apply a patch to each monomer depending on the connection and (as far as I understand) the termini databases are only applied to the end of a chain. Also I think the termini database is the only watch to apply a patch in the sense of changing charges. Any recommendation for a good tool or a way to do it with pdb2gmx would be very helpful. <br>
I have a psf topology. Has someone a script to convert a psf topology to a gromacs topology?<br><br>Thanks<br>Roland<br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>