Hi,<br>
<br>
I have rather elementary questions regarding force constants used in restraining position/orientation:<br>
<ul><li>I have imposed a force with constants&nbsp; kx, ky, and kz =10^6
kJ/mol/nm^2&nbsp; on a particular atom of a peptide to harmonically position restrain the
molecule inside a bilayer. Is it alright to use such high values for
force constants? I have used kz =10^3 kJ/mol/nm^2 but it seems that the
peptide can still move 2-3 angstrom up and down during the course of
200ps simulation so I needed to restrain it more tightly.<br>
  </li><li>If I calculate PMF along the z-coordinate (performing separate
MD&#39;s for the peptide along z axis) -- assuming i get reasonable
overlaps for the histograms -- would such a large number create
(numerical) problems in WHAM calculations?</li><li>what is a typical force constant to use in angle_restraint_z
(referring to formula 4.68 in 3.3 manual). Considering the units of
k_c, is 500kJ/mol way off?<br>
  </li></ul>
<br clear="all"><br>-- <br>Cheers,<br>Terry<br>