<div class="gmail_quote"><div><div></div><div class="Wj3C7c"><div class="gmail_quote">A PhD student position is available to develop new protein
modelling methods which can be applied to drug design. The
successful candidate will work in collaboration with the
Blundell and Hyvonen groups in the Cambridge University
Biochemistry Department and industrial CASE award sponsors
Eli Lilly.<p>
The optimization of a lead molecule in the early drug
discovery process is greatly accelerated by knowledge of
the protein-ligand binding mode. However it is not always
possible to reliably predict this binding mode starting
from crystal structures of related proteins and ligands,
due to the conformational flexibility of the binding site.
Inferring binding mode becomes particularly hard for
systems like GPCRs where there are substantial difficulties
in obtaining experimental protein-ligand structures. The project will aim to develop a methodology for
predicting binding modes by combining approximate
structural knowledge of the target with available ligand
activity data. The chosen student will work to extend the
Rapper program to use ligand-based pharmacophores as
restraints in generating feasible protein conformations,
and to validate results on experimental data.<br>
</p>

<p>
Applications should include a covering letter describing
relevant research experience to date, a CV, and the names
and addresses of two referees. These should be sent to Dr Mako Hyvonen (marko -at- <a href="http://cryst.bioc.cam.ac.uk/" target="_blank">cryst.bioc.cam.ac.uk</a>) by email by 10th February 2009.
Paper copies cannot be accepted.</p><p>This studentship is open to EU nationals only.</p><p>Limit of tenure: up to 3 years in first instance.<br></p>See also : <a href="http://www.jobs.ac.uk/jobs/ZL434/Computational_Structural_Biology_--_CASE_PhD_Studentship/" target="_blank">http://www.jobs.ac.uk/jobs/ZL434/Computational_Structural_Biology_--_CASE_PhD_Studentship/</a><br>





<br>----Sent on behalf of Prof Tom Blundell and Dr Marko Hyvonen----<br></div></div></div></div><br>