Hi, <br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; In the manual:<br><br>&quot; Consider a water molecule interacting with another atom. When we would apply the cutoff an on atom-atom basis we might include the atom-Oxygen interaction(with a charge of -0.82) without<br>
the compensating charge of the protons and so induce a large dipole moment over the system. Therefore we have to keep groups of atoms with total charge 0 together. These groups are called charge groups.<br><br>So, When I tried to define energy groups&nbsp; based on chain id (energy_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; chA chB) , I always get an error.<br>
<br>I don&#39;t understand why GROMACS&nbsp; give an option to define energy groups based on chain id.<br><br>Fatal error:<br>atoms 4176 and 4182 in charge group 1767 are in different energy groups<br><br>PDB:<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 4176&nbsp; OG&nbsp; SER A 541&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -13.599&nbsp; 44.346&nbsp; 39.228&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
ATOM&nbsp;&nbsp; 4177&nbsp; N&nbsp;&nbsp; ALA A 542&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -12.827&nbsp; 48.211&nbsp; 42.079&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 4178&nbsp; CA&nbsp; ALA A 542&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -12.788&nbsp; 48.960&nbsp; 43.342&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 4179&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ALA A 542&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -12.052&nbsp; 50.279&nbsp; 43.097&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
ATOM&nbsp;&nbsp; 4180&nbsp; O&nbsp;&nbsp; ALA A 542&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -12.096&nbsp; 50.830&nbsp; 41.993&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 4181&nbsp; CB&nbsp; ALA A 542&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -12.084&nbsp; 48.160&nbsp; 44.447&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N&nbsp;&nbsp; THR B&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.984&nbsp; 77.078&nbsp;&nbsp; 8.100&nbsp; 1.00 20.55&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; T&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>
<br><br clear="all"><br>-- <br>Shiyong Liu<br>Postdoc<br>center for bioinformatics in the university of kansas<br>Lab: (785)864-1962<br>Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu">syliu@ku.edu</a> (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu">shiyongliu@ku.edu</a> or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu">liushiyong@ku.edu</a>)<br>
Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/~syliu">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br>Lab: &nbsp; &nbsp;<a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>Phone:         &nbsp; &nbsp; &nbsp;(785) 864-1962<br>