<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>This looks like a bug, unless you have very exotic settings.<br><br>Could you mail me all your input files required to run grompp?<br><br>Berk<br><br><br>&gt; Date: Wed, 28 Jan 2009 13:46:46 -0500<br>&gt; From: chris.neale@utoronto.ca<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] free_energy = yes &amp; init_lambda = 0.00 does not yield        identical energies to free_energy = no.<br>&gt; <br>&gt; Hi Berk,<br>&gt; <br>&gt; the difference remains when utilizing double precision:<br>&gt; free energy code on with lambda=0.00: Coulomb (SR) = -3.23064e+05<br>&gt; free energy code off: Coulomb (SR) = -3.22653e+05<br>&gt; <br>&gt; Here are the full double precision values:<br>&gt; <br>&gt; ; Free energy control stuff<br>&gt; free_energy              = no<br>&gt; <br>&gt;     Energies (kJ/mol)<br>&gt;            Angle    Proper Dih. Ryckaert-Bell.          LJ-14     Coulomb-14<br>&gt;      2.91166e+03    5.90834e+02    1.07820e+03    7.70226e+02    6.22283e+03<br>&gt;          LJ (SR)        LJ (LR)  Disper. corr.   Coulomb (SR)   Coul. recip.<br>&gt;      4.94952e+04   -1.84944e+03   -6.38472e+02   -3.22653e+05   -7.12639e+04<br>&gt;        Potential    Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pressure (bar)<br>&gt;     -3.35336e+05    5.67661e+04   -2.78570e+05    3.00586e+02    6.48848e-01<br>&gt;    Cons. rmsd () Cons.2 rmsd ()<br>&gt;      0.00000e+00    0.00000e+00<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; ; Free energy control stuff<br>&gt; free_energy              = yes<br>&gt; init_lambda              = 0.00<br>&gt; delta_lambda             = 0<br>&gt; sc_alpha                 =0.0<br>&gt; sc-power                 =1.0<br>&gt; sc-sigma                 = 0.3<br>&gt; <br>&gt;            Angle    Proper Dih. Ryckaert-Bell.          LJ-14     Coulomb-14<br>&gt;      2.91166e+03    5.90834e+02    1.07820e+03    7.70226e+02    6.22283e+03<br>&gt;          LJ (SR)        LJ (LR)  Disper. corr.   Coulomb (SR)   Coul. recip.<br>&gt;      4.94952e+04   -1.84944e+03   -6.38472e+02   -3.23064e+05   -7.12639e+04<br>&gt;        Potential    Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pressure (bar)<br>&gt;     -3.35747e+05    5.67544e+04   -2.78993e+05    3.00524e+02   -4.14918e+01<br>&gt;    dVpot/dlambda  dEkin/dlambda  dG/dl constr.  Cons. rmsd () Cons.2 rmsd ()<br>&gt;      1.29815e+03    0.00000e+00    0.00000e+00    0.00000e+00    0.00000e+00<br>&gt; <br>&gt; I'll try to develop a simplet system to see if this is reproducible  <br>&gt; between systems or is system specific.<br>&gt; <br>&gt; I am willing to post my topologies, but what would be most useful at  <br>&gt; this point is some assistance confirming if anybody else encounters  <br>&gt; this difference.<br>&gt; <br>&gt; Thanks,<br>&gt; Chris.<br>&gt; <br>&gt; --- original message ---<br>&gt; <br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; I would also expect the same results.<br>&gt; I have no clue what kind of system you have.<br>&gt; But check that it is not an accuracy issue.<br>&gt; Could you recalculate the energies in double precision.<br>&gt; <br>&gt; Berk<br>&gt; <br>&gt; &gt; Date: Tue, 27 Jan 2009 20:00:23 -0500<br>&gt; &gt; From: chris.neale at utoronto.ca<br>&gt; &gt; To: gmx-users at gromacs.org<br>&gt; &gt; Subject: [gmx-users] free_energy = yes &amp; init_lambda = 0.00 does not  <br>&gt; &gt; yield identical energies to free_energy = no.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hello,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; when applying the free energy code, I expected that the  <br>&gt; &gt; instantaneous energy of a given conformation when free_energy = yes  <br>&gt; &gt; &amp; init_lambda = 0.00 would be identical to that when free_energy =  <br>&gt; &gt; no. However, I have found this not to be the case in zero-step  <br>&gt; &gt; mdrun. This is the same result that I get from gmx v 3.3.1, 3.3.3,  <br>&gt; &gt; and 4.0.3. Is this expected?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; With free_energy = yes &amp; init_lambda = 0.00:<br>&gt; &gt; Coulomb (SR)    -3.23064e+05<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; With free_energy = no:<br>&gt; &gt; Coulomb (SR)    -3.22654e+05<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; and all other energy components are identical. The Coulomb (SR)  <br>&gt; &gt; difference seems significant to me. Note that the free_energy = no  <br>&gt; &gt; values are identical to those that I get when I use a topology that  <br>&gt; &gt; has not been modified to add a B-state so I don't think that my  <br>&gt; &gt; A-state values are incorrect.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ## free_energy related .mdp options:<br>&gt; &gt; free_energy              = yes<br>&gt; &gt; init_lambda              = 0.00<br>&gt; &gt; delta_lambda             = 0<br>&gt; &gt; sc_alpha                 =0.0<br>&gt; &gt; sc-power                 =1.0<br>&gt; &gt; sc-sigma                 = 0.3<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ## Other .mdp options:<br>&gt; &gt; nsteps              = 0<br>&gt; &gt; tinit               =  0<br>&gt; &gt; dt                  =  0.004<br>&gt; &gt; integrator          =  sd<br>&gt; &gt; comm_mode           =  linear<br>&gt; &gt; nstcomm             =  1<br>&gt; &gt; comm_grps           =  System<br>&gt; &gt; nstlog              =  2500<br>&gt; &gt; nstlist             =  5<br>&gt; &gt; ns_type             =  grid<br>&gt; &gt; pbc                 =  xyz<br>&gt; &gt; coulombtype         =  PME<br>&gt; &gt; rcoulomb            =  0.9<br>&gt; &gt; fourierspacing      =  0.12<br>&gt; &gt; pme_order           =  4<br>&gt; &gt; vdwtype             =  cut-off<br>&gt; &gt; rvdw_switch         =  0<br>&gt; &gt; rvdw                =  1.4<br>&gt; &gt; rlist               =  0.9<br>&gt; &gt; DispCorr            =  EnerPres<br>&gt; &gt; Pcoupl              =  Berendsen<br>&gt; &gt; pcoupltype          =  isotropic<br>&gt; &gt; compressibility     =  4.5e-5<br>&gt; &gt; ref_p               =  1.<br>&gt; &gt; tau_p               =  4.0<br>&gt; &gt; tcoupl              =  Berendsen<br>&gt; &gt; tc_grps             =  System<br>&gt; &gt; tau_t               =  0.1       ref_t               =  300.       <br>&gt; &gt; annealing           =  no<br>&gt; &gt; gen_vel             =  no<br>&gt; &gt; unconstrained-start =  yes<br>&gt; &gt; gen_temp            =  300.<br>&gt; &gt; gen_seed            =  9896<br>&gt; &gt; constraints         =  all-bonds<br>&gt; &gt; constraint_algorithm=  lincs<br>&gt; &gt; lincs-iter          =  1<br>&gt; &gt; lincs-order         =  6<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thank you,<br>&gt; &gt; Chris.<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>