<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<br><br><hr id="stopSpelling">From: gmx3@hotmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: RE: [gmx-users] Re: free energy with TIP4P bug fixed<br>Date: Thu, 29 Jan 2009 13:48:20 +0100<br><br>



<style>
.ExternalClass .EC_hmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.EC_hmmessage
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</style>


Hi,<br><br>You can apply the cvs diff.<br>But even simpler, as I said, is just putting your solute and solvent in separate charge** groups.<br><br>**&nbsp; I meant separate energy groups.<br><br>This should circumvent the issue.<br><br>Berk<br><br><hr id="EC_stopSpelling">From: dmobley@gmail.com<br>To: gmx3@hotmail.com<br>Date: Thu, 29 Jan 2009 06:35:24 -0600<br>CC: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] Re: free energy with TIP4P bug fixed<br><br>Berk,<div><br></div><div>Any chance of getting a fix for 3.3.x versions also? I have several papers which probably are affected by this problem and I will need to repeat the calculations with a fixed version and produce errata. I would prefer to do this with 3.3.x since (a) not all of the data is with TIP4P, and so I don't need to repeat all the calcs, and would like to use a consistent version, and (b) I am not sure that 4.x does not introduce additional bugs that might affect my calcs.</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div>David</div><div><br><div><div>On Jan 29, 2009, at 4:21 AM, Berk Hess wrote:</div><br class="EC_EC_Apple-interchange-newline"><blockquote><span class="EC_EC_Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;"><div class="EC_EC_hmmessage" style="font-size: 10pt; font-family: Verdana;">Hi,<br><br>The Coulomb energy difference that Chris Neale observed recently<br>was caused by a bug in the neighborlist assignment with the combination<br>of free energy and tip4p water optimization.<br>This bug would cause a few tip4p-tip4p charge interactions to be missing.<br>I think it has been present in all Gromacs version which have tip4p optimized loops,<br>for sure it was in 3.3.<br>I have fixed this for the upcoming Gromacs 4.0.4 release.<br><br>I assume this bug also caused the cut-off dependence that David Mobley observed.<br><br>I have done a lot of free energy calculation with tip4p and never noticed<br>any problems. This was because I always had the perturbed molecule<br>in a separate energy group, which circumvents the problem.<br><br>So for the moment and for checking if you had the problem with older Gromacs<span class="EC_EC_Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>versions, you can simply put the perturbed atoms and tip4p in separate energy groups.<br><br>Berk<br><br><br><hr>What can you do with the new Windows Live?<span class="EC_EC_Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx">Find out</a></div></span></blockquote></div><br></div><br><hr>See all the ways you can stay connected <a href="http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx">to friends and family</a><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>