<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 28, 2009 at 6:32 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
Liu Shiyong wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
Thank for your helpful reply.<br>
<br>
&nbsp;I understand your feeling. &nbsp; If you have time, please see the following.<br>
<br>
&nbsp;mdrun has an option to output the final structure(-c). I just knew it after reading your post and checked again &nbsp;:&lt;<br>
&nbsp;Thanks .<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; Firstly, I run a minimized command to get the minimized structure.<br>
<br>
 &nbsp;Secondly, based on the minimized structure, I want to do energy calculation with some user-defined energy groups. I guest I need to run second pdb2gmx.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
I don&#39;t think you do. &nbsp;See comments below.<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
 &nbsp;The command in the &nbsp;Step 1:<br>
 &nbsp; &nbsp; pdb2gmx &nbsp; -ff G53a6 -f r-l_207655_G53a6.pdb -p r-l_207655_G53a6.top -i r-l_207655_G53a6.posre.itp -o r-l_207655_G53a6.gro &gt; r-l_207655_G53a6.output.pdb2gmx 2&gt;&amp;1 <br>
 &nbsp;em.mdp<br>
<br>
title &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;r-l_207655_G53a6 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>
cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;/usr/bin/cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>
define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;-DFLEX_SPC &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>
constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;none &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>
integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;l-bfgs &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>
dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.002 &nbsp; &nbsp;; ps ! &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;10000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>
nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;20 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>
ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;simple &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>
rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>
coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;shift &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>
epsilon_r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;2.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>
rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>
rcoulomb-switch &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>
vdwtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;shift &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>
rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>
rvdw_switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>
</blockquote>
<br></div>
These are some bizarre cutoffs for use with 53a6, but perhaps you have your reasons...<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
pbc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;no &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>
; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>
; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Energy minimizing stuff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>
; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>
emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;100.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>
emstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.01 &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>
<br>
grompp -f em.mdp -c r-l_207655_G53a6.gro -p r-l_207655_G53a6.top -po r-l_207655_G53a6.mdout.mdp -o r-l_207655_G53a6.input.tpr &gt; r-l_207655_G53a6.output.grompp 2&gt;&amp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;mdrun -nice 0 -v -s r-l_207655_G53a6.input.tpr -o r-l_207655_G53a6.minim_traj.trr -c r-l_207655_G53a6.minimized.pdb -e r-l_207655_G53a6.minim_ener.edr -g r-l_207655_G53a6.emlog.log &nbsp; &nbsp;&gt; r-l_207655_G53a6.output.mdrun 2&gt;&amp;1<br>

<br>
Now, I get an minimized structure: r-l_207655_G53a6.minimized.pdb<br>
<br>
Then , I remove the Hydrogen atom in r-l_207655_G53a6.minimized.pdb, rename as clean2.pdb<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Why are you removing hydrogens?<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
*Step 2:*<div class="Ih2E3d"><br>
Starting structure: &nbsp;clean2.pdb<br>
<br>
I am trying to calculate the energy according to energy groups<br>
<br>
<br>
pdb2gmx &nbsp; -ff G53a6 -f clean2.pdb -p clean2_0.6.top -i clean2_0.6.posre.itp -o clean2_0.6.gro &gt; clean2_0.6.output.pdb2gmx 2&gt;&amp;1<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
This is redundant. &nbsp;In the first pdb2gmx, you processed your structure with the 53a6 parameter set, adding some polar hydrogens and building a topology. &nbsp;Then, you stripped the hydrogens. &nbsp;Now you are adding them back. &nbsp;I see no point in all of these iterations.<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
make_ndx -f clean2.pdb &nbsp;-o clean2_0.6.ndx &lt; ./make_ndx.input &gt; clean2_0.6.output.make_ndx 2&gt;&amp;1<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Now you&#39;re using the original .pdb file (with no hydrogens) to make an index group. &nbsp;*This is where you are probably going wrong* - you are carrying out EM steps using a topology that includes H atoms on polar groups, but you are constructing index groups that correspond to a structure without H. &nbsp;Therefore, none of the atom numbers will correspond to what you think they are (or want them to be).<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
em.mdp<br>
<br>
title &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;clean2_0.6<br>
cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;/usr/bin/cpp<br>
integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;cg<br>
dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.002 &nbsp; &nbsp;; ps !<br>
nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1<br>
rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.55<br>
nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0<br>
vdwtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;Cut-off<br>
rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.6<br>
coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;shift<br>
epsilon_r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;20000<br>
rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.6<br>
</blockquote>
<br></div>
Again, really bizarre parameters for use with Gromos96.<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
rcoulomb-switch &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.55<br>
energy_grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;chB chA<br>
;<br>
; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Energy minimizing stuff<br>
;<br>
emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;100.0<br>
emstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.01<br>
<br>
<br>
grompp -maxwarn 10 -f em.mdp -c clean2_0.6.gro -n clean2_0.6.ndx -p clean2_0.6.top -o clean2_0.6.input.tpr &gt; clean2_0.6.output.grompp 2&gt;&amp;1<br>
<br>
Then, I got an error msg:<br>
<br>
<br>
clean2_0.6.output.grompp<br>
<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program grompp, VERSION 3.3.3<br>
Source code file: ../../../../src/kernel/grompp.c, line: 307<br>
<br>
Fatal error:<br>
atoms 4175 and 4183 in charge group 1767 are in different energy groups<br>
-------------------------------------------------------<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Right, because these two atoms were generated from a non-H structure, but you are using the .gro and .top files (with H!) as input into grompp.<br>
<br>
Here&#39;s what I&#39;d recommend:<br>
<br>
1. Run pdb2gmx and generate your 53a6 topology.<br>
2. Make index groups from the .gro file generated by pdb2gmx.</blockquote><div><br>*.gro has no chain id information.<br>I can not make energy group(based on chain id) from *.gro file generated by pdb2gmx <br><br>&nbsp;</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
3. Don&#39;t strip H, just to add them back again :)</blockquote><div><br>I have the structure minimized.pdb after EM. <br><br>minimized.pdb is output from mdrun with -c option.<br><br>I tried to feed this structure into pdb2gmx. <br>
I got an error.<br><br>Processing chain 1 &#39;A&#39; (5360 atoms, 535 residues)<br>There are 803 donors and 760 acceptors<br>There are 1025 hydrogen bonds<br>Will use HISB for residue 212<br>Will use HISB for residue 223<br>
Will use HISB for residue 277<br>Will use HISB for residue 280<br>Will use HISB for residue 374<br>Will use HISB for residue 380<br>Will use HISB for residue 386<br>Will use HISB for residue 398<br>Will use HISB for residue 425<br>
Will use HISB for residue 440<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 3.3.3<br>Source code file: ../../../../src/kernel/pdb2gmx.c, line: 421<br><br>Fatal error:<br>Atom HD1 in residue HISB 212 not found in rtp entry with 14 atoms<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while sorting atoms. Maybe different protonation state.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Remove this hydrogen or choose a different protonation state.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option -ignh will ignore all hydrogens in the input.<br>-------------------------------------------------------<br>
<br>&quot;You Could Be a Shadow&quot; (The Breeders)<br><br><br><br>&nbsp;</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
<br>
Hopefully this makes sense.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d">
&quot;God is a DJ&quot; (Faithless)<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br></div><div><div></div><div class="Wj3C7c">
On Wed, Jan 28, 2009 at 12:28 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Liu Shiyong wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Hi,<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Did you get my script ? &nbsp;<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;As I said just a few days ago, I don&#39;t run jobs for people. &nbsp;I only<br>
 &nbsp; &nbsp;have allocated time on our University&#39;s cluster, which I need for<br>
 &nbsp; &nbsp;myself.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;That said, it is also very difficult to go through someone&#39;s<br>
 &nbsp; &nbsp;scripting, laden with variables that mean nothing to anyone else but<br>
 &nbsp; &nbsp;you, and come up with something meaningful, especially when everyone<br>
 &nbsp; &nbsp;on this list has their own work to be doing. &nbsp;As I&#39;ve said several<br>
 &nbsp; &nbsp;times, simply posting your command lines with the relevant error<br>
 &nbsp; &nbsp;message(s) is sufficient.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;That said, I really have no clue what you&#39;re doing with those<br>
 &nbsp; &nbsp;scripts. &nbsp;It appears that you are running pdb2gmx, grompp, and<br>
 &nbsp; &nbsp;mdrun, then using trjconv to dump out the last frame from your<br>
 &nbsp; &nbsp;energy minimization. &nbsp;The last step is certainly not necessary;<br>
 &nbsp; &nbsp;mdrun outputs the lowest-energy coordinates.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Then you are running pdb2gmx again, and creating index groups. &nbsp;I<br>
 &nbsp; &nbsp;don&#39;t understand the purpose of the second pdb2gmx call.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;The problem you are facing is easily answered with the fact that you<br>
 &nbsp; &nbsp;simply are again using a structure file that does not have the same<br>
 &nbsp; &nbsp;number of atoms as the structure you used to create the index file.<br>
 &nbsp; &nbsp; It appears that your index files simply have two chains of a<br>
 &nbsp; &nbsp;protein, with the highest atom number being 5966. So of course atom<br>
 &nbsp; &nbsp;6415 is missing. &nbsp;The simple fix is to perhaps simplify your naming<br>
 &nbsp; &nbsp;strategy so you can keep it straight, or instead of scripting<br>
 &nbsp; &nbsp;everything and potentially making mistakes, to just run the commands<br>
 &nbsp; &nbsp;interactively until you have everything flowing.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;-Justin<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I dump a frame from .trr file.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I did not define xtc-grps<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;On Wed, Jan 21, 2009 at 2:00 PM, Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br></div></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Liu Shiyong wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Hi,<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I got an error when do grompp: &nbsp; The input PDB file<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;comes from<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; the output of GROMACS by trajconv command.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;snip&gt;<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -------------------------------------------------------<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Program grompp, VERSION 3.3.3<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Source code file: ../../../../src/kernel/readir.c, line: 838<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; *Fatal error:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Invalid atom number 6415 in indexfile*<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Instead of screen dumps, it would be a lot more useful to see<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;your<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; .mdp file, as well as the command line (not output from) both<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;grompp<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; and trjconv. &nbsp;Did you dump the frame from an .xtc file? &nbsp;What did<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; you specify in xtc-grps?<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -Justin<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -- &nbsp; &nbsp;========================================<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Graduate Research Assistant<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Department of Biochemistry<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Virginia Tech<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Blacksburg, VA<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540)<div class="Ih2E3d">
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;231-9080<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; posting!<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;--  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Shiyong Liu<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Postdoc<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;center for bioinformatics in the university of kansas<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Lab: (785)864-1962<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a><div class="Ih2E3d">
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a>&gt;&gt; (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a><div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a>&gt;&gt; or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a><div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a>&gt;&gt;)<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/%7Esyliu" target="_blank">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.people.ku.edu/%7Esyliu" target="_blank">http://www.people.ku.edu/%7Esyliu</a>&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Lab: &nbsp; &nbsp;<a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people" target="_blank">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Phone: &nbsp; &nbsp; &nbsp;(785) 864-1962<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;--  &nbsp; &nbsp;========================================<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp;Graduate Research Assistant<br>
 &nbsp; &nbsp;Department of Biochemistry<br>
 &nbsp; &nbsp;Virginia Tech<br>
 &nbsp; &nbsp;Blacksburg, VA<br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp;jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;========================================<br>
<br>
<br>
<br>
<br></div><div class="Ih2E3d">
-- <br>
Shiyong Liu<br>
Postdoc<br>
center for bioinformatics in the university of kansas<br>
Lab: (785)864-1962<br>
Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a>&gt; (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a>&gt; or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a>&gt;)<br>

<br></div>
Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/%7Esyliu" target="_blank">http://www.people.ku.edu/~syliu</a> &lt;<a href="http://www.people.ku.edu/%7Esyliu" target="_blank">http://www.people.ku.edu/%7Esyliu</a>&gt;<div class="Ih2E3d">
<br>
Lab: &nbsp; &nbsp;<a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people" target="_blank">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>
Phone: &nbsp; &nbsp; &nbsp;(785) 864-1962<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Shiyong Liu<br>
Postdoc<br>
center for bioinformatics in the university of kansas<br>
Lab: (785)864-1962<br></div><div class="Ih2E3d">
Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a>&gt; (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a>&gt; or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a>&gt;)<br>

Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/%7Esyliu" target="_blank">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br>
Lab: &nbsp; &nbsp;<a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people" target="_blank">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>
Phone: &nbsp; &nbsp; &nbsp;(785) 864-1962<br>
<br>
<br></div>
------------------------------------------------------------------------<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
</div><div class="Ih2E3d"><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br></div>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<div class="Ih2E3d"><br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></blockquote>
<br>
-- <br><div class="Ih2E3d">
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br></div><div class="Ih2E3d">
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
</div><div class="Ih2E3d"><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br></div>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<div><div></div><div class="Wj3C7c">
<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Shiyong Liu<br>Postdoc<br>center for bioinformatics in the university of kansas<br>Lab: (785)864-1962<br>Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu">syliu@ku.edu</a> (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu">shiyongliu@ku.edu</a> or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu">liushiyong@ku.edu</a>)<br>
Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/~syliu">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br>Lab: &nbsp; &nbsp;<a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>Phone:         &nbsp; &nbsp; &nbsp;(785) 864-1962<br>