<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
He Berk,<br>I've sent it to the bugzilla. Could you have a look?<br>Thanks very much!<br>Lanyuan<br><br><hr id="stopSpelling">From: gmx3@hotmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: RE: [gmx-users] "nstlist=-1" dosen't work for parallel runs<br>Date: Thu, 29 Jan 2009 23:32:43 +0100<br><br>



<style>
.ExternalClass .EC_hmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.EC_hmmessage
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</style>


Hi,<br><br>I just tested it and it runs fine for me with 4.0.3.<br><br>Which version are you using?<br><br>If it is 4.0.3, please file a bugzilla and attach the tpr file.<br><br>Berk<br><br><hr id="EC_stopSpelling">From: lulanyuan@msn.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Date: Thu, 29 Jan 2009 15:07:27 -0500<br>Subject: [gmx-users] "nstlist=-1" dosen't work for parallel runs<br><br>



<style>
.ExternalClass .EC_hmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.EC_hmmessage
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</style>


Hi,<br>Again I have a problem regarding the "nstlist=-1" option and this time it's related to parallel runs.<br>With the help from Berk, I can run my system with nstlist=-1 option and 1 cpu without any problem. However, each time when I run it using more than one cpu under MPI, the run crashes immediately. The input files are the same for both serial and parallel runs. I tried to change to nstlist=1 and this time it run OK both serial and parallel. So it seems to me there is a problem for the automatic neighbor list updating with parallel runs. I tried both domain decomposition and particle decompostion with "nstlis=-1" and in both cases the run crashed.<br>Could Berk or anyone else have a look at it?<br>Thanks very much.<br>Lanyuan<br><br><hr>使用新一代 Windows Live Messenger 轻松交流和共享! <a href="http://im.live.cn/">立刻下载!</a><br><hr>What can you do with the new Windows Live? <a href="http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx">Find out</a><br /><hr />使用新一代 Windows Live Messenger 轻松交流和共享! <a href='http://im.live.cn/' target='_new'>立刻下载!</a></body>
</html>