
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000066">

<font size="-1"><font face="Helvetica, Arial, sans-serif">Hi.<br>

I run the</font></font><font size="-1"><font

 face="Helvetica, Arial, sans-serif"> </font></font><font size="-1"><font

 face="Helvetica, Arial, sans-serif">same </font></font><font size="-1"><font

 face="Helvetica, Arial, sans-serif"> </font></font><font size="-1"><font

 face="Helvetica, Arial, sans-serif">(exactly)</font></font><font

 size="-1"><font face="Helvetica, Arial, sans-serif"> simulations with

v3.3.3 and v4.0.3, on the same 64bit Q6600/DDR2-1066 machine, gcc-4.3.2

,fftw-3.2.<br>

I found that the performance of 4.0.3 is roughly 30% lower than 3.3.3

(30% higher hours/ns), for few systems (512 molecules of 5-15 sites,

nstlist=10) I tried.<br>

This happens with single precision serial and parallel, np=2,4

(openmpi  1.3) versions and only when electrostatics (PME) are present.<br>

With Simple LJ potentials the performance is exactly the same. <br>

Is there any speed comparison 3.3.3 vs 4.0.3 available ?<br>

D.D.<br>

<br>

</font></font>

</body>

</html>