
<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY><p>Dear Justin,<br ><br >Even with the new force field I am getting the same result.&nbsp;<br ><br >My methanol. gro file , em.mdp, pr,mdp and md.mdp files looks like these<br ><br ><strong>Methanol, 1 bar, 300K, equilibrated using PME, BdG 21-09-2001<br >&nbsp; 648<br >&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1MeOH&nbsp;&nbsp; Me1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1.970&nbsp;&nbsp; 1.460&nbsp;&nbsp; 1.209 -0.8587 -0.1344 -0.0643<br >&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1.978&nbsp;&nbsp; 1.415&nbsp;&nbsp; 1.082&nbsp; 0.0623 -0.1787&nbsp; 0.0036<br >&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 1.905&nbsp;&nbsp; 1.460&nbsp;&nbsp; 1.030 -0.5020 -0.9564&nbsp; 0.0997<br >&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2MeOH&nbsp;&nbsp; Me1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 2.013&nbsp;&nbsp; 0.181&nbsp;&nbsp; 0.123&nbsp; 0.0317&nbsp; 0.4268 -0.0034<br >&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 1.980&nbsp;&nbsp; 0.097&nbsp;&nbsp; 0.224 -0.8424 -0.0021 -0.6308<br >&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 2.060&nbsp;&nbsp; 0.100&nbsp;&nbsp; 0.284 -0.7967 -0.7548 -0.6455<br >&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3MeOH&nbsp;&nbsp; Me1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 2.008&nbsp;&nbsp; 0.409&nbsp;&nbsp; 0.498 -0.6920&nbsp; 0.4374&nbsp; 0.2455<br >&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 2.109&nbsp;&nbsp; 0.460&nbsp;&nbsp; 0.422 -0.6105&nbsp; 0.1049&nbsp; 0.1322<br >&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 2.170&nbsp;&nbsp; 0.506&nbsp;&nbsp; 0.486 -0.6959 -1.9809&nbsp; 1.8452<br >&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4MeOH&nbsp;&nbsp; Me1&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 1.856&nbsp;&nbsp; 1.779&nbsp;&nbsp; 1.151 -0.2574&nbsp; 0.2271 -0.0352<br >&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 1.951&nbsp;&nbsp; 1.877&nbsp;&nbsp; 1.153&nbsp; 0.0214 -0.0482&nbsp; 0.2841<br ></strong><br ><br ><strong>EM.mdp....<br ></strong><br >; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS = <br >title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = mellitin<br >cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /lib/cpp<br >define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DFLEXIBLE</p><p>; RUN CONTROL PARAMETERS = <br >integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = steep<br >; start time and timestep in ps = <br >tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br >dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.001<br >nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4000<br >nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =10<br >ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =grid<br >rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =0.5<br >rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =1.4<br >vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =cutoff<br >rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =0.8</p><p>; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS = <br >emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.00001<br >emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br >nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000</p><p><strong>PR.mdp.....</strong><br ><br >warnings&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br >cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<br >define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DPOSRES<br >constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<br >integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<br >dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;; ps !<br >nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000&nbsp;; total 1.0 ps.<br >nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br >nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br >nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br >nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br >nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br >nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br >nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br >ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br >rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.5<br >rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.4<br >rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.8<br >epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 66<br >; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br >Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; nose-hoover<br >tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br >tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp; other<br >ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br >; Pressure coupling is not on<br >Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br >tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.5<br >compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<br >ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br >; Generate velocites is on at 300 K.<br >gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br >gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300.0<br >gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529<br ><br ><strong>MD.mdp...<br ></strong><br >cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<br >constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<br >integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<br >tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<br >dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;; ps !leapfrog algorithm 2fs timestep<br >nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000000&nbsp;; total 2 ns.<br >nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br >nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10000<br >nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000<br >nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br >nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br >ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br >rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.5<br >rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.4<br >rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.8<br >epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 66.0<br >; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br >Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Berendsen<br >tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02<br >tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; other<br >ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<br >solvent_optimization = sol<br >;&nbsp; Energy monitoring<br >energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; other<br >; Pressure coupling is&nbsp; not on<br >Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Berendsen<br >tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2.0<br >compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<br >ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br >; Generate velocites is on at 300 K.<br >gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br >gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300.0<br >gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529<br ><br >------------------------------------------------------------------------------------<br ><br >I have mailed the itp&nbsp;for methanol that I am&nbsp;&nbsp;using in my previous mail. Kindly&nbsp;give me advice as to why I am getting similar results for water and methanol.<br ><br >Thanks..<br ><br >sharada<br ><br >&nbsp; </p></BODY></HTML>