<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY><br >Thanks for the reply.<br ><br >I am sorry&nbsp;about the &nbsp;typo mistake, it is 45a3 forcefield that I am working with&nbsp;&amp; that I&nbsp;choose by giving the option 3 in pdb2gmx. So with PME&nbsp;the epsilon_r &nbsp;value&nbsp; has to be mentioned ?.Are the different forcefields 43a1,45a3 etc have to be used with different sets&nbsp;<font face="Arial" size="2"></font> of rvdw, rcoulomb &amp; rlist ? In that case what would be the set of values if I am working with 45a3 forcefield with PME option ? How do I give correction term for dispersion otherwise? Are the methanol .gro and itp files that I am taking the right&nbsp;ones ? <br ><br >regards,<br >sharada<br ><br ><font face="Arial" size="2"><br ><TABLE STYLE="PADDING-LEFT: 5px; BORDER-BOTTOM-COLOR: blue; BORDER-LEFT: blue 1px solid; BORDER-TOP-COLOR: blue; BORDER-RIGHT-COLOR: blue"><tbody><TR><TD><strong><em>-- Original Message --</em></strong><br >From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br >To: &quot;Gromacs Users' List&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br >Date: Sat, 31 Jan 2009 07:35:42 -0500<br >Subject: Re: [gmx-users] Melittin in methanol...<br ><br ><br ><br >sharada wrote:<br >&gt; Hello Justin,<br >&gt; <br >&gt; Thanks for the reply . I apologise for the repeat mail. The parameters <br >&gt; are for ffG43a3 forcefield. Yes I am using the default electrotatics <br >&gt; cutoff values as an initial run. I would change to PME method as you <br >&gt; say. However I was wondering If r_epsilon value equals to 66 contributes <br >&gt; to a change in the simulation or this value holds good only if reaction <br >&gt; field is on ? <br >&gt; <br ><br >I have never heard of 43a3, do you mean 43a1, or perhaps 45a3? Better be sure <br >about what you're using so you get the .mdp options right. Use PME, and make <br >sure your values of rlist, rcoulomb, and rvdw are for use with that particular <br >parameter set (rvdw = 0.8 is particularly troubling, especially in the absence <br >of any dispersion correction).<br ><br >With cut-off, the epsilon_r parameter is probably meaningless.<br ><br >-Justin<br ><br >&gt; sharada<br >&gt; <br >&gt; <br >&gt; */-- Original Message --/*<br >&gt; From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br >&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br >&gt; Date: Sat, 31 Jan 2009 00:42:36 -0500<br >&gt; Subject: Re: [gmx-users] Melittin in methanol...<br >&gt; <br >&gt; <br >&gt; <br >&gt; sharada wrote:<br >&gt; <br >&gt; &gt; rlist = 0.5<br >&gt; &gt; rcoulomb = 1.4<br >&gt; &gt; rvdw = 0.8<br >&gt; <br >&gt; You are using cut-off electrostatics by default, so you are probably <br >&gt; getting<br >&gt; some bad artifacts (use PME instead). Also, the values of rlist, <br >&gt; rcoulomb, and<br >&gt; rvdw you are using do not correspond to those for which the Gromos96 <br >&gt; force field<br >&gt; was derived. These make no sense. Refer to the original literature for<br >&gt; whichever parameter set you decided to use.<br >&gt; <br >&gt; -Justin<br >&gt; <br >&gt; <br >&gt; -- <br >&gt; ========================================<br >&gt; <br >&gt; Justin A. Lemkul<br >&gt; Graduate Research Assistant<br >&gt; Department of Biochemistry<br >&gt; Virginia Tech<br >&gt; Blacksburg, VA<br >&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br >&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br >&gt; <br >&gt; ========================================<br >&gt; _______________________________________________<br >&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br >&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br >&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br >&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br >&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br >&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br >&gt; <br ><br >-- <br >========================================<br ><br >Justin A. Lemkul<br >Graduate Research Assistant<br >Department of Biochemistry<br >Virginia Tech<br >Blacksburg, VA<br >jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br >http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br ><br >========================================<br >_______________________________________________<br >gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br >http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br >Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br >Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br >www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br >Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br ></TD></TR></tbody></TABLE></font></BODY></HTML>