<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 2, 2009 at 5:26 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
Liu Shiyong wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
<br>
pdb2gmx &nbsp;-ignh -ff G53a6 -f r-l_365130_G53a6.minim_traj_withH.pdb -p r-l_365130_G53a6.minim_traj_withH_0.6.top -i r-l_365130_G53a6.minim_traj_withH_0.6.posre.itp -o r-l_365130_G53a6.minim_traj_withH_0.6.gro &nbsp;&gt;r-l_365130_G53a6.minim_traj_withH_0.6.output.pdb2gmx 2&gt;&amp;1<br>

<br>
Hi, Justin<br>
<br>
<br>
<br>
grompp read the coordinate file : a6.gro from the output of editconf. &nbsp;editconf read the &nbsp;a6.gro ( output from the first pdb2gmx).<br>
<br>
top file a6.top from the output of &nbsp;the first pdb2gmx.<br>
<br>
I think the the coordinate file &nbsp;corresponds to the topology file a6.top.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
&quot;Think&quot; is not as definite as &quot;know&quot; - computers are literal, so you must be, too.<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Here is my command.<br>
<br>
&nbsp;pdb2gmx -ignh -ff G53a6 -f b.pdb -p a6.top -i a6.posre.itp -o a6.gro<br>
<br>
&nbsp;pdb2gmx -ignh -ff G53a6 -f b.pdb -o a.pdb<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Why are you running pdb2gmx twice? &nbsp;Unless you have multiple proteins, and need multiple topologies, you should not be doing this.</blockquote><div><br><br>That&#39;s because the *.gro file does not include chain id information.<br>
<br>If I run&nbsp; make_ndx -f a6.gro -o a6.ndx<br><br>I will get :<br><br>Found 0 atoms with chain identifiers A AND B<br>&gt;<br>Found 0 atoms with chain identifier C<br><br><br><br><br>&nbsp;</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<div class="Ih2E3d"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
&nbsp;editconf -f a6.gro -o a6.gro -d 20.0<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
You realize that the units of -d are nm, right? &nbsp;Do you need such a huge solute-box distance?</blockquote><div>I know the units is nm. <br>&nbsp;<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<div class="Ih2E3d"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
&nbsp;make_ndx -f a.pdb -o a6.ndx<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
OK, here&#39;s the likely problem. &nbsp;If you&#39;re running pdb2gmx twice, you are probably doing different things. &nbsp;So you&#39;re making an index file from a .pdb file that was perhaps treated differently than the .gro file that corresponds to a6.top. &nbsp;Use the .gro file as input into make_ndx and see if that alleviates the problem.<div class="Ih2E3d">
</div></blockquote><div><br>&nbsp;</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
&nbsp;grompp -maxwarn 10 -f em.mdp -c a6.gro -n a6.ndx -p a6.top -o a6.input.tpr<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
This *should* work, provided the .ndx file is what you actually think it is, and you are using the correct topology.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="Wj3C7c">
<br>
<br>
On Mon, Feb 2, 2009 at 4:28 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Alright, so how about the other comment I made? &nbsp;Are you using the<br>
 &nbsp; &nbsp;right coordinate file? &nbsp;I recall you got this error when you used<br>
 &nbsp; &nbsp;the non-pdb2gmx processed .pdb file as input into grompp. &nbsp;You must<br>
 &nbsp; &nbsp;use the coordinate file that corresponds to your topology.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;-Justin<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Liu Shiyong wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Hi, &nbsp;Justin<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I remove the del command. But I still got an error.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;make_ndx -f a.pdb &nbsp;-o a.ndx &lt; make_ndx.input<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;make_ndx.input:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;chain A and B&amp; !a H*<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;chain C&amp; !a H*<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;q<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;checking input for internal consistency...<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Opening library file /export/apps/share/gromacs/top//ffG53a6.itp<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Opening library file /export/apps/share/gromacs/top//ffG53a6nb.itp<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Opening library file /export/apps/share/gromacs/top//ffG53a6bon.itp<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Opening library file /export/apps/share/gromacs/top//ff_dum.itp<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Generated 165 of the 1596 non-bonded parameter combinations<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Opening library file /export/apps/share/gromacs/top//spc.itp<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Opening library file /export/apps/share/gromacs/top//ions.itp<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;Protein_A&#39;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;Protein_B&#39;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;Protein_C&#39;<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NOTE 1 [file r-l_365130_G53a6.minim_traj_withH_0.6.top, line 39]:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; System has non-zero total charge: -7.000002e+00<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;processing coordinates...<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;double-checking input for internal consistency...<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;WARNING 1 [file r-l_365130_G53a6.minim_traj_withH_0.6.top, line 39]:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; With nstlist=0 atoms are only put into the box at step 0, therefore<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; drifting atoms might cause the simulation to crash.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;renumbering atomtypes...<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;converting bonded parameters...<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;initialising group options...<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;processing index file...<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Making dummy/rest group for T-Coupling containing 4655 elements<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Making dummy/rest group for Acceleration containing 4655 elements<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Making dummy/rest group for Freeze containing 4655 elements<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Making dummy/rest group for Energy Mon. containing 1045 elements<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Making dummy/rest group for VCM containing 4655 elements<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 13962.00<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Making dummy/rest group for User1 containing 4655 elements<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Making dummy/rest group for User2 containing 4655 elements<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Making dummy/rest group for XTC containing 4655 elements<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Making dummy/rest group for Or. Res. Fit containing 4655 elements<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Making dummy/rest group for QMMM containing 4655 elements<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;T-Coupling &nbsp; &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Energy Mon. &nbsp; &nbsp; &nbsp;has 3 element(s): chAANDB_&amp;_!H* chC_&amp;_!H* rest<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Acceleration &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Freeze &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;User1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;has 1 element(s): rest<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;User2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;has 1 element(s): rest<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;VCM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;has 1 element(s): rest<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;XTC &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;has 1 element(s): rest<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Or. Res. Fit &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;QMMM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Checking consistency between energy and charge groups...<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-------------------------------------------------------<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Program grompp, VERSION 4.0.2<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Source code file: grompp.c, line: 150<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Fatal error:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;atoms 1 and 2 in charge group 1 of molecule type &#39;Protein_A&#39; are<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;in different energy groups<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;On Fri, Jan 30, 2009 at 5:11 PM, Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br></div></div><div><div></div><div class="Wj3C7c">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Liu Shiyong wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -------------------------------------------------------<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Program grompp, VERSION 4.0.2<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Source code file: grompp.c, line: 150<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Fatal error:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; atoms 1 and 2 in charge group 1 of molecule type<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&#39;Protein_A&#39; are<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; in different energy groups<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Check your structure to make sure you are using the right<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;coordinate<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; file.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Try to *not* delete every other group in the index file. &nbsp;Just<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; because you don&#39;t need these groups in your energygrps does<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;not mean<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; they are not necessary for other functions.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -Justin<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &quot;Can someone please tell Icarus that he&#39;s not the only one<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; falling from the sky?&quot; (Urban Dance Squad)<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; :-) &nbsp;G &nbsp;R &nbsp;O &nbsp;M &nbsp;A &nbsp;C &nbsp;S &nbsp;(-:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;GROningen Mixture of Alchemy and Childrens&#39;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Stories<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I checked &nbsp;the a.ndx<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; [ System ]<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; 10 &nbsp; 11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;12 &nbsp; 13<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp; 15<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;16 &nbsp; 17 &nbsp; 18 &nbsp; 19 &nbsp; 20 &nbsp; 21 &nbsp; 22 &nbsp; 23 &nbsp; 24 &nbsp; 25 &nbsp; 26 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;27 &nbsp; 28<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 29 &nbsp; 30<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; [ chAANDB_&amp;_!H* ]<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; 10 &nbsp; 11 &nbsp; 12 &nbsp; 14 &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;16 &nbsp; 17<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 18 &nbsp; 19<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;23 &nbsp; 24 &nbsp; 25 &nbsp; 26 &nbsp; 27 &nbsp; 28 &nbsp; 29 &nbsp; 30 &nbsp; 31 &nbsp; 32 &nbsp; 34 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;35 &nbsp; 36<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 37 &nbsp; 38<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; [ chC_&amp;_!H* ]<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2571 2575 2576 2577 2578 2580 2581 2582 2583 2584 2585<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2586 2587<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2588 2589<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2590 2591 2592 2593 2594 2595 2597 2598 2599 2600 2601<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2602 2605<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2606 2607<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Shiyong Liu<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Postdoc<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; center for bioinformatics in the university of kansas<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Lab: (785)864-1962<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a>&gt;<br></div></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a>&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a><br>

 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a>&gt;<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a>&gt;&gt;&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;(<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a>&gt;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a>&gt;<br>
<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a>&gt;&gt;&gt; or<div class="Ih2E3d"><br>

 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a>&gt;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a>&gt;<br>
<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a>&gt;&gt;&gt;)<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/%7Esyliu" target="_blank">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.people.ku.edu/%7Esyliu" target="_blank">http://www.people.ku.edu/%7Esyliu</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;<a href="http://www.people.ku.edu/%7Esyliu" target="_blank">http://www.people.ku.edu/%7Esyliu</a>&gt;<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Lab: &nbsp; &nbsp;<a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people" target="_blank">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Phone: &nbsp; &nbsp; &nbsp;(785) 864-1962<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; before posting!<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -- &nbsp; &nbsp;========================================<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Graduate Research Assistant<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Department of Biochemistry<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Virginia Tech<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Blacksburg, VA<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540)<div class="Ih2E3d">
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;231-9080<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; posting!<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;--  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Shiyong Liu<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Postdoc<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;center for bioinformatics in the university of kansas<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Lab: (785)864-1962<br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a><br>

 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a>&gt;&gt; (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a>&gt;&gt; or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a>&gt;&gt;)<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/%7Esyliu" target="_blank">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.people.ku.edu/%7Esyliu" target="_blank">http://www.people.ku.edu/%7Esyliu</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Lab: &nbsp; &nbsp;<a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people" target="_blank">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Phone: &nbsp; &nbsp; &nbsp;(785) 864-1962<br>
<br>
<br></div><div><div></div><div class="Wj3C7c">
 &nbsp; &nbsp;--  &nbsp; &nbsp;========================================<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp;Graduate Research Assistant<br>
 &nbsp; &nbsp;Department of Biochemistry<br>
 &nbsp; &nbsp;Virginia Tech<br>
 &nbsp; &nbsp;Blacksburg, VA<br>
 &nbsp; &nbsp;jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;========================================<br>
 &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp;posting!<br>
 &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
 &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Shiyong Liu<br>
Postdoc<br>
center for bioinformatics in the university of kansas<br>
Lab: (785)864-1962<br>
Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:syliu@ku.edu" target="_blank">syliu@ku.edu</a>&gt; (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu" target="_blank">shiyongliu@ku.edu</a>&gt; or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:liushiyong@ku.edu" target="_blank">liushiyong@ku.edu</a>&gt;)<br>

Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/%7Esyliu" target="_blank">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br>
Lab: &nbsp; &nbsp;<a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people" target="_blank">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>
Phone: &nbsp; &nbsp; &nbsp;(785) 864-1962<br>
</div></div></blockquote><div><div></div><div class="Wj3C7c">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Shiyong Liu<br>Postdoc<br>center for bioinformatics in the university of kansas<br>Lab: (785)864-1962<br>Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu">syliu@ku.edu</a> (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu">shiyongliu@ku.edu</a> or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu">liushiyong@ku.edu</a>)<br>
Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/~syliu">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br>Lab: &nbsp; &nbsp;<a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>Phone:         &nbsp; &nbsp; &nbsp;(785) 864-1962<br>