command:<br><br>+ pdb2gmx -ignh -ff G53a6 -f b.pdb -p a6.top -i a6.posre.itp -o a6.gro<br>+ pdb2gmx -ignh -ff G53a6 -f b.pdb -o a.pdb<br>+ editconf -f a6.gro -o a6.gro -d 20.0<br>+ make_ndx -f a.pdb -o a6.ndx<br>+ grompp -maxwarn 10 -f em.mdp -c a6.gro -n a6.ndx -p a6.top -o a6.input.tpr<br>
<br>b.pdb<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N&nbsp;&nbsp; ASP A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.426&nbsp;&nbsp; 2.813&nbsp; 59.411&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; H1&nbsp; ASP A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.859&nbsp;&nbsp; 2.855&nbsp; 58.506&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; H2&nbsp; ASP A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.602&nbsp;&nbsp; 1.924&nbsp; 59.830&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; H3&nbsp; ASP A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.442&nbsp;&nbsp; 2.955&nbsp; 59.311&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; CA&nbsp; ASP A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.001&nbsp;&nbsp; 3.889&nbsp; 60.238&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; CB&nbsp; ASP A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.955&nbsp;&nbsp; 5.207&nbsp; 59.459&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; CG&nbsp; ASP A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.874&nbsp;&nbsp; 5.091&nbsp; 58.246&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; OD1 ASP A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31.097&nbsp;&nbsp; 5.071&nbsp; 58.485&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; OD2 ASP A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.330&nbsp;&nbsp; 4.852&nbsp; 57.149&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ASP A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.277&nbsp;&nbsp; 4.018&nbsp; 61.583&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; O&nbsp;&nbsp; ASP A&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.347&nbsp;&nbsp; 3.256&nbsp; 61.840&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; N&nbsp;&nbsp; LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.790&nbsp;&nbsp; 4.934&nbsp; 62.412&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; H&nbsp;&nbsp; LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.597&nbsp;&nbsp; 5.456&nbsp; 62.136&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; CA&nbsp; LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.307&nbsp;&nbsp; 5.310&nbsp; 63.762&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; CB&nbsp; LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.833&nbsp;&nbsp; 6.730&nbsp; 64.022&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; CG&nbsp; LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.551&nbsp;&nbsp; 7.291&nbsp; 65.418&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; CD&nbsp; LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.226&nbsp;&nbsp; 8.655&nbsp; 65.596&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; CE&nbsp; LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.832&nbsp;&nbsp; 9.371&nbsp; 66.894&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; NZ&nbsp; LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.309&nbsp;&nbsp; 8.719&nbsp; 68.125&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; HZ1 LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.982&nbsp;&nbsp; 9.234&nbsp; 68.921&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; HZ2 LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.970&nbsp;&nbsp; 7.776&nbsp; 68.181&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp; HZ3 LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.307&nbsp;&nbsp; 8.696&nbsp; 68.138&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; C&nbsp;&nbsp; LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.773&nbsp;&nbsp; 5.209&nbsp; 63.930&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp; O&nbsp;&nbsp; LYS A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.050&nbsp;&nbsp; 5.941&nbsp; 63.252&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br><br><br>Top file:<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; File &#39;a6.top&#39; was generated&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; By user: shiyong (536)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; On host: <a href="http://reco.bioinformatics.ku.edu">reco.bioinformatics.ku.edu</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; At date: Mon Feb&nbsp; 2 18:00:37 2009&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This is your topology file&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &quot;Ease Myself Into the Body Bag&quot; (P.J. Harvey)<br>;<br>; Include forcefield parameters<br>#include &quot;ffG53a6.itp&quot;<br><br>; Include chain topologies<br>#include &quot;a6_A.itp&quot;<br>#include &quot;a6_B.itp&quot;<br>
#include &quot;a6_C.itp&quot;<br><br>; Include water topology<br>#include &quot;spc.itp&quot;<br><br>#ifdef POSRES_WATER<br>; Position restraint for each water oxygen<br>[ position_restraints ]<br>;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<br>
&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<br>#endif<br><br>; Include generic topology for ions<br>#include &quot;ions.itp&quot;<br><br>[ system ]<br>; Name<br>Protein<br><br>[ molecules ]<br>; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>Protein_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
Protein_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Protein_C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br><br><br>&quot;atoms&quot; section:<br><br>Protein_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br><br>[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ASP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.129&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.129<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ASP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.248&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.377<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ASP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.248&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.625<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ASP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.248&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.873<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ASP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.127&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ASP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ASP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.27<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ASP&nbsp;&nbsp;&nbsp; OD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.635<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ASP&nbsp;&nbsp;&nbsp; OD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ASP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.45&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.45<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ASP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.45&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.31&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.31<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.127&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.127<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.129&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.256<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.248&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.504<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.248&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.752<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.248&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.45&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.45<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.45&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 1<br>
<br><br>index groups<br><br>[ chAANDB_&amp;_!H* ]<br>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 19<br>&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp; 35&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp; 38<br>&nbsp; 39&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp; 43&nbsp;&nbsp; 44&nbsp;&nbsp; 45&nbsp;&nbsp; 46&nbsp;&nbsp; 48&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp; 51&nbsp;&nbsp; 52&nbsp;&nbsp; 54&nbsp;&nbsp; 56&nbsp;&nbsp; 58&nbsp;&nbsp; 60<br>
&nbsp; 61&nbsp;&nbsp; 62&nbsp;&nbsp; 64&nbsp;&nbsp; 65&nbsp;&nbsp; 66&nbsp;&nbsp; 67&nbsp;&nbsp; 68&nbsp;&nbsp; 69&nbsp;&nbsp; 70&nbsp;&nbsp; 71&nbsp;&nbsp; 72&nbsp;&nbsp; 74&nbsp;&nbsp; 75&nbsp;&nbsp; 76&nbsp;&nbsp; 77<br>....<br>2569 2570<br><br>[ chC_&amp;_!H* ]<br>2571 2575 2576 2577 2578 2580 2581 2582 2583 2584 2585 2586 2587 2588 2589<br>2590 2591 2592 2593 2594 2595 2597 2598 2599 2600 2601 2602 2605 2606 2607<br>
....<br><br>&nbsp;<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 2, 2009 at 5:46 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="Ih2E3d"><br>
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Liu Shiyong wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Here is my command.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb2gmx -ignh -ff G53a6 -f b.pdb -p a6.top -i a6.posre.itp -o<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;a6.gro<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb2gmx -ignh -ff G53a6 -f b.pdb -o a.pdb<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Why are you running pdb2gmx twice? &nbsp;Unless you have multiple<br>
 &nbsp; &nbsp;proteins, and need multiple topologies, you should not be doing this.<br>
<br>
<br>
<br>
That&#39;s because the *.gro file does not include chain id information.<br>
<br>
If I run &nbsp;make_ndx -f a6.gro -o a6.ndx<br>
<br>
I will get :<br>
<br>
Found 0 atoms with chain identifiers A AND B<br>
&nbsp;&gt;<br>
Found 0 atoms with chain identifier C<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Alright, I was just confused why you&#39;re running pdb2gmx twice to get the desired output. &nbsp;If you need a .pdb file, then just choose it as your output format the first time you run the command. &nbsp;I would recommend not dealing with multiple iterations of the same command; it can lead to confusion.<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; editconf -f a6.gro -o a6.gro -d 20.0<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;You realize that the units of -d are nm, right? &nbsp;Do you need such a<br>
 &nbsp; &nbsp;huge solute-box distance?<br>
<br>
I know the units is nm.<br>
</blockquote>
<br></div>
Just checking :)<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
&nbsp;<br>
</blockquote>
<br>
&lt;snip&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -------------------------------------------------------<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Program grompp, VERSION 4.0.2<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Source code file: grompp.c, line: 150<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Fatal error:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; atoms 1 and 2 in charge group 1 of molecule type<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&#39;Protein_A&#39; are<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; in different energy groups<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -------------------------------------------------------<br>
</blockquote>
<br></div>
There is still some sort of disconnect between topology numbering (which is where charge groups are defined), and the structure you are using. &nbsp;Can you post the first *few* lines of your .pdb file, [ atoms ] section of the .top, and the relevant index groups?<br>
<font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Shiyong Liu<br>Postdoc<br>center for bioinformatics in the university of kansas<br>Lab: (785)864-1962<br>Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu">syliu@ku.edu</a> (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu">shiyongliu@ku.edu</a> or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu">liushiyong@ku.edu</a>)<br>
Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/~syliu">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br>Lab: &nbsp; &nbsp;<a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>Phone:         &nbsp; &nbsp; &nbsp;(785) 864-1962<br>