<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Respectable Mark/Berk/David</DIV>
<DIV>I am trying to study diffusion of oxygen in water at a constant pressure of 1 bar. </DIV>
<DIV>
<DIV>My system contains 2 oxygen molecules in 110 water molecules of the box size 1.5 nm</DIV>
<DIV>I have set rvdw=0.7/0.5, rcoul=0.7/0.5 and rlist=0.7/0.5 in my&nbsp;main run mdp file.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>When I run the production run of 1 ns then I get an warning message as follows and the run terminates. Please try to figure out what might have been wrong.</DIV></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Grid: 35 x 35 x 35 cells<BR>WARNING: your box is exploding! (ncells = 42875)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.40000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Rel. Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Before LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1.000000<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1.000000</DIV>
<DIV>Fatal error: Can not read/write topologies to file type unknown</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>If I change the LINCS to SHAKE with tau_p=0.5 it goes well but at the last step it gives segmentation fault error. I checked the pdb after energy minimization. The molecules are intact and the energy is well converged.</DIV>
<DIV>If I increase tau_p=2.0, also at this step the error persists.</DIV>
<DIV>My system contains 2 oxygen molecules in 110 water molecules of the box size 1.5 nm</DIV>
<DIV>I have set rvdw=0.7/0.5, rcoul=0.7/0.5 and rlist=0.7/0.5 in my&nbsp;main run mdp file.&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Your help is a boon</DIV>
<DIV>Sunil<BR></DIV></td></tr></table><br>