<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hi Omer,<br>

You use a&nbsp; dielectric constant is 80, which means that the

electrostatic interactions are screened. Perhaps that's why your

density is low.<br>

Ran.<br>

<br>

Omer Markovitch wrote:

<blockquote

 cite="mid8c3f24a40902110516m48e5214bs6df0c34ee0029f2f@mail.gmail.com"

 type="cite">

  <div dir="ltr">Dear All,<br>

I have simulated a protein inside a box with water and ions. I began by

minimizing my system (which has a total charge of zero), until the

maximum gradient was small enough and the potential energy become

negative.<br>

Then I heated it, slowly, to 300K at constant volume (using berendsen

thermostat and tcoupl = 1 ps).<br>

Then I performed 500 ps NVT simulation to equilibrate the temperature,

at 300K.<br>

Then, I tried to equilibrate the pressure and run NPT simulation, using

Berendsen barostat (p=1, pcoupl=10) and Berendsen thermostat (T=300K,

tcoupl = 0.1).<br>

  <br>

  <div class="Ih2E3d">My problem is, that with the barostat &amp;

thermostat both active in the same MD run, my density drops to a very

low value (at the first MD steps, the density is 1000, dropping later

to 100 kg/m^3). That is- my box dimensions increase significantly (from

around 6x6x6 to 12x12x12 nm^3. If I change the pressure coupling

constant, the speed of the expansion changes

but all simulation converged to a small density between 50-100 kg/m3.<br>

  </div>

  <div class="Ih2E3d"><br>

Your help is appreciated; Probably, I am not controlling the simulation

like I should. I will appreciate any advice.<br>

Thank you, Omer Markovitch.<br>

  <br>

  </div>

I have used gromacs version 3.3.3, Here is my .MDP file for the NPT run:<br>

  <br>

integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = md<br>

dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.001<br>

nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 500000<br>

comm_grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= system<br>

nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 500<br>

nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 500<br>

nstcheckpoint &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1000<br>

nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 500<br>

nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 500<br>

nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10<br>

ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= simple<br>

pbc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= xyz<br>

rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.0<br>

coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= PME<br>

rcoulomb-switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>

rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<br>

epsilon_r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 80<br>

epsilon_rf &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 80<br>

vdw-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Cut-off<br>

rvdw-switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>

rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<br>

table-extension &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>

fourierspacing &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.12<br>

pme_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4<br>

ewald_rtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1e-05<br>

ewald_geometry &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 3d<br>

optimize_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = yes<br>

tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = berendsen<br>

tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= system<br>

tau_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.1<br>

ref_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 300<br>

Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = berendsen<br>

Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Isotropic<br>

tau-p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10<br>

compressibility &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4.5E-5<br>

ref-p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>

andersen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 815131<br>

constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= none<br>

  <br>

  </div>

  <pre wrap="">

<hr size="4" width="90%">

_______________________________________________

gmx-users mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>

Please search the archive at <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 

www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.

Can't post? Read <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></pre>

</blockquote>

<br>

</body>

</html>