<div dir="ltr">Dear All,<br>
I have simulated a protein inside a box with water and ions. I began by minimizing my system (which has a total charge of zero), until the
maximum gradient was small enough and the potential energy become
negative.<br>
Then I heated it, slowly, to 300K at constant volume (using berendsen thermostat and tcoupl = 1 ps).<br>
Then I performed 500 ps NVT simulation to equilibrate the temperature, at 300K.<br>Then, I tried to equilibrate the pressure and run NPT simulation, using Berendsen barostat (p=1, pcoupl=10) and Berendsen thermostat (T=300K,
tcoupl = 0.1).<br><br>
<div class="Ih2E3d">My problem is, that with the barostat &amp; thermostat both active in the same MD run, my density drops to a very low value (at the first MD steps, the density is 1000, dropping later to 100 kg/m^3). That is- my box dimensions increase significantly (from around 6x6x6 to 12x12x12 nm^3. If I change the pressure coupling
constant, the speed of the expansion changes
but all simulation converged to a small density between 50-100 kg/m3.<br>
</div><div class="Ih2E3d"><br>Your help is appreciated; Probably, I am not controlling the simulation like I should. I will appreciate any advice.<br>
Thank you, Omer Markovitch.<br>
<br>
</div>I have used gromacs version 3.3.3, Here is my .MDP file for the NPT run:<br>
<br>
integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = md<br>
dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.001<br>
nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 500000<br>
comm_grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= system<br>
nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 500<br>
nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 500<br>
nstcheckpoint &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1000<br>
nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 500<br>
nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 500<br>
nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10<br>
ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= simple<br>
pbc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= xyz<br>
rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.0<br>
coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= PME<br>
rcoulomb-switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<br>
epsilon_r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 80<br>
epsilon_rf &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 80<br>
vdw-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Cut-off<br>
rvdw-switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<br>
table-extension &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>
fourierspacing &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.12<br>
pme_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4<br>
ewald_rtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1e-05<br>
ewald_geometry &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 3d<br>
optimize_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = yes<br>
tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = berendsen<br>
tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= system<br>
tau_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.1<br>
ref_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 300<br>
Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = berendsen<br>
Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Isotropic<br>
tau-p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10<br>
compressibility &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4.5E-5<br>
ref-p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>
andersen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 815131<br>
constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= none<br>
<br>
</div>