<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>This means that your checkpoint file was generated with a single processor simulation,<br>while you are now running a two processor simulation.<br>This is no problem at all.<br>For the 4.0.4 release I changed:<br>"Continuation still works,"<br>to<br>"Continuation is exact,"<br><br>Note that you don't need -f and -e with tpbconv when using checkpoint.<br>Also you do not need tpbconv at all when you make nsteps large enough and use mdrun -maxh<br><br>Note that there is a bug in 4.0 - 4.0.3 where the initial box size is stored in the checkpoint<br>file with running in serial. Therefore checkpointing will give artifacts for serial NPT simulations.<br>NVT and parallel NPT simulations are fine.<br><br>I hope that 4.0.4, which fixes this, will be out soon.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Thu, 12 Feb 2009 16:35:27 +0530<br>From: mon_sharma@research.iiit.ac.in<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] Problem with continuation of files using checkpoint        files<br><br>Dear All,<br>I am doing protein simulations using Gromacs4.0.2. For continuation or extension of runs, i am using tpbconv command. In the manual its given that for exact binary identical run, one needs to use checkpoint file with mdrun. So, for the tpbconv generated file when I am using checkpoint. I am getting warnings as below. Gromacs is&nbsp; parallelly installed, but I am using on single node.&nbsp; <br>
&gt; tpbconv_4 -s md_1.tpr -f md_1.trr -e md_1 .edr -o md_2.tpr -extend 2000.0<br>&gt; mdrun_4 -s md_2.tpr -cpi md_1.cpt -deffnm md_2.tpr &amp;<br><br>I am getting the message as:<br><br>Reading checkpoint file md_1.cpt generated: Thu Feb 12 08:42:50 2009<br>
<br>Gromacs binary or parallel settings not identical to previous run.<br>Continuation still works, but is not guaranteed to be binary identical,<br>&nbsp;see the log file for details.<br><br>Gromacs binary or parallel settings not identical to previous run.<br>
Continuation still works, but is not guaranteed to be binary identical.<br><br><br>Looking at the log file: <br><br>Reading checkpoint file md_1.cpt<br>&nbsp; file generated by:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mdrun_4<br>&nbsp; file generated at:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thu Feb 12 08:42:50 2009<br>
&nbsp; GROMACS build time:&nbsp;&nbsp;&nbsp; Wed Dec 24 23:09:37 EST 2008<br>&nbsp; GROMACS build user:&nbsp;&nbsp;&nbsp; compute@localhost.localdomain<br>&nbsp; GROMACS build machine: Linux 2.6.9-67.ELsmp x86_64<br>&nbsp; simulation part #:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp; step:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500000<br>
&nbsp; time:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2000.000000<br><br>&nbsp; #PP-nodes mismatch,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; current program: 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; checkpoint file: 1<br><br>If anyone can please suggest, what might be the problem. What is meant by PP nodes mismatch? <br>
Thanks in advance.<br><br>Regards<br>Monika<br><br><br><br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>