<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>g_bundle does something similar,<br>so does g_sgangle (but only for one vector I think).<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Thu, 12 Feb 2009 10:50:02 -0700<br>&gt; From: nsapay@ucalgary.ca<br>&gt; To: aninditagayen@yahoo.co.in; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] P-N vector orientation<br>&gt; CC: <br>&gt; <br>&gt; Hello,<br>&gt; <br>&gt; I just remember that you might be interested by g_tilt developed by <br>&gt; Patrick Fuchs.:<br>&gt; <br>&gt;     http://www.dsimb.inserm.fr/~fuchs/download/<br>&gt;     &lt;http://www.dsimb.inserm.fr/%7Efuchs/download/&gt;<br>&gt; <br>&gt; Its purpose is to calculate the orientation of an helix in a bilayer, <br>&gt; however it might tweaked to calculate the NP dipole orientation. I've <br>&gt; done that one time, but it was only for a particular lipid in a <br>&gt; membrane, not for the whole bilayer. IIRW, the result was the same than <br>&gt; the one of my scripts and the calculation was much faster.<br>&gt; <br>&gt; Nicolas<br>&gt; <br>&gt; ANINDITA GAYEN a écrit :<br>&gt; &gt; Dear Xavier Periole<br>&gt; &gt;                      I am a GROMACS user, presently working with DMPC  <br>&gt; &gt; bilayer.. I want to calculate the orientation of the head groups P-N <br>&gt; &gt; vector. From gmx-users,  I have came to know that you have a program <br>&gt; &gt; that can determine the angle of the PN vector (or what ever pair of <br>&gt; &gt; atoms) relative to the z axis.<br>&gt; &gt; If possible, can you please provide me that program or tell me how can <br>&gt; &gt; i calculate that?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thanks in advance.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Ms. Anindita Gayen<br>&gt; &gt; C/O Dr. Chaitali Mukhopadhyay<br>&gt; &gt; Senior Research Fellow<br>&gt; &gt; Department of Chemistry<br>&gt; &gt; University of Calcutta<br>&gt; &gt; 92, A. P. C. Road<br>&gt; &gt; Kolkata-700 009<br>&gt; &gt; India<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; Add more friends to your messenger and enjoy! Invite them now. <br>&gt; &gt; &lt;http://in.rd.yahoo.com/tagline_messenger_6/*http://messenger.yahoo.com/invite/&gt; <br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>