Thank you, Justin!<br><br>I changed the output files to .gro. <br><br>pdb2gmx -ignh -ff oplsaa -f 1eia_fixed.pdb -p 1eia.top -o 1eia.gro -water spce &gt;&amp; pdb2gmx.log<br># add water<br>editconf -bt cubic -f 1eia.gro -o 1eia.gro -c -d 0.9 &gt;&amp; editconf.log<br>
genbox -cp 1eia.gro -cs spc216.gro -o 1eia_water.gro -p 1eia.top &gt;&amp; genbox.log<br><br>However, the overflow error still occurs in the gro file:<br><br>32448SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW299996&nbsp;&nbsp; 9.410&nbsp;&nbsp; 8.282&nbsp;&nbsp; 1.575<br>32449SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW99997&nbsp;&nbsp; 9.923&nbsp;&nbsp; 8.813&nbsp;&nbsp; 0.726<br>
32449SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW199998&nbsp;&nbsp; 9.874&nbsp;&nbsp; 8.726&nbsp;&nbsp; 0.735<br>32449SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW299999&nbsp;&nbsp; 9.900&nbsp;&nbsp; 8.856&nbsp;&nbsp; 0.639<br>32450SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0.018&nbsp;&nbsp; 7.452&nbsp;&nbsp; 0.502<br>32450SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.058&nbsp;&nbsp; 7.543&nbsp;&nbsp; 0.493<br>32450SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; -0.082&nbsp;&nbsp; 7.460&nbsp;&nbsp; 0.508<br>
32451SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 9.507&nbsp;&nbsp; 8.424&nbsp;&nbsp; 1.264<br>32451SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 9.596&nbsp;&nbsp; 8.379&nbsp;&nbsp; 1.250<br><br>What&#39;s wrong? Thanks a lot!<br><br>Peggy<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Feb 14, 2009 at 2:40 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
Peggy Yao wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear all,<br>
<br>
Has anyone encountered the problem of atom index overflow in PDB files after adding water molecules?<br>
<br>
The following are what I did:<br>
<br>
pdb2gmx -ignh -ff oplsaa -f 1eia_fixed.pdb -p 1eia.top -o 1eia.pdb -water spce &gt;&amp; pdb2gmx.log<br>
# add water<br>
editconf -bt cubic -f 1eia.pdb -o 1eia.pdb -c -d 0.9 &gt;&amp; editconf.log<br>
genbox -cp 1eia.pdb -cs spc216.gro -o 1eia_water.pdb -p 1eia.top &gt;&amp; genbox.log<br>
<br>
However, in 1eia_water.pdb, the atom index of the water section overflowed:<br>
<br>
ATOM &nbsp;99996 &nbsp;HW2 SOL &nbsp;2448 &nbsp; &nbsp; &nbsp;98.583 &nbsp;52.132 &nbsp;64.542 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00<br>
ATOM &nbsp;99997 &nbsp;OW &nbsp;SOL &nbsp;2449 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.182 &nbsp;45.201 &nbsp;68.242 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00<br>
ATOM &nbsp;99998 &nbsp;HW1 SOL &nbsp;2449 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.592 &nbsp;44.881 &nbsp;69.102 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00<br>
ATOM &nbsp;99999 &nbsp;HW2 SOL &nbsp;2449 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.222 &nbsp;44.931 &nbsp;68.212 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00<br>
ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp;OW &nbsp;SOL &nbsp;2450 &nbsp; &nbsp; &nbsp;93.503 &nbsp;42.681 &nbsp;67.002 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00<br>
ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;HW1 SOL &nbsp;2450 &nbsp; &nbsp; &nbsp;94.353 &nbsp;42.351 &nbsp;66.592 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00<br>
ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;HW2 SOL &nbsp;2450 &nbsp; &nbsp; &nbsp;93.633 &nbsp;42.831 &nbsp;67.982 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00<br>
ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp;OW &nbsp;SOL &nbsp;2451 &nbsp; &nbsp; &nbsp;94.993 &nbsp;42.441 &nbsp;73.082 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00<br>
<br>
How to solve this problem?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
Well, the .pdb file format can only handle a fixed amount of digits when numbering atoms. &nbsp;I don&#39;t know if using .gro format will be of any use, but I routinely simulate systems of 200,000+ atoms with no problem, and any index files I make are correctly numbered.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Thanks,<br>
Peggy<br>
<br>
<br>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br>