Dear all,<br><br>Has anyone encountered the problem of atom index overflow in PDB files after adding water molecules?<br><br>The following are what I did:<br><br>pdb2gmx -ignh -ff oplsaa -f 1eia_fixed.pdb -p 1eia.top -o 1eia.pdb -water spce &gt;&amp; pdb2gmx.log<br>
# add water<br>editconf -bt cubic -f 1eia.pdb -o 1eia.pdb -c -d 0.9 &gt;&amp; editconf.log<br>genbox -cp 1eia.pdb -cs spc216.gro -o 1eia_water.pdb -p 1eia.top &gt;&amp; genbox.log<br><br>However, in 1eia_water.pdb, the atom index of the water section overflowed:<br>
<br>ATOM&nbsp; 99996&nbsp; HW2 SOL&nbsp; 2448&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 98.583&nbsp; 52.132&nbsp; 64.542&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp; 99997&nbsp; OW&nbsp; SOL&nbsp; 2449&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.182&nbsp; 45.201&nbsp; 68.242&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp; 99998&nbsp; HW1 SOL&nbsp; 2449&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.592&nbsp; 44.881&nbsp; 69.102&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp; 99999&nbsp; HW2 SOL&nbsp; 2449&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.222&nbsp; 44.931&nbsp; 68.212&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; OW&nbsp; SOL&nbsp; 2450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 93.503&nbsp; 42.681&nbsp; 67.002&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; HW1 SOL&nbsp; 2450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 94.353&nbsp; 42.351&nbsp; 66.592&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; HW2 SOL&nbsp; 2450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 93.633&nbsp; 42.831&nbsp; 67.982&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; OW&nbsp; SOL&nbsp; 2451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 94.993&nbsp; 42.441&nbsp; 73.082&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>
<br>How to solve this problem?<br><br>Thanks,<br>Peggy<br>