Greetings<br>I am working witha system that has two heptadecanol lattices oriented toward each other with a slab of water between.&nbsp; The alcohol uses the OPLS-AA parameters and the water is NE6 (Nada and Eerden six-site model).&nbsp; When I ran the system with the alcohols positionally fixed and their interaction energy excluded, there was no problems.&nbsp; When I fixed the water molecules and released the alcohols, the system runs between 100 to 300 steps before seg faulting.&nbsp; Below is a description of what I have tried to fix the problem and I can send input and output files if requested but excluded them here due to size.&nbsp; Any help in identifying the cause of the seg fault would be greatly appreciated.<br>
<br>Steps taken:<br>added exclusions for all intra-alcohol interactions in the [ exclusions ]<br>added parameters for bonds and angles in the alcohols and changed &quot;constraints&quot; in md.mdb to none<br>The alcohols are split into 4 groups; hydrogen in headgroup, oxygen in headgroup, non-terminal carbon and hydrogens (CE), and terminal carbon and hydrogens (CT).<br>
Fixed the CE and CT groups positions and removed CE and CT interaction energy.<br>All runs are at Temperature = 250 K.<br><br>At this point the system with just alcohols and no water runs without error, but seg fault reappears with addition of water.<br>
<br>The step.pdb files that are written near the seg fault show the atoms of one of the water models separated and spread out over a space outside of the original system.&nbsp; It is unknown if the energy blows up at the segfault as the output appears to be limited to outputs every .1 ps.&nbsp; Using random velocities assigned using &quot;gen_vel&quot; results in the seg fault occurring at different time steps and 5% of the time not happening.<br>
<br>Again any help would be appreciated.<br><br>Caleb Carlin<br>