<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>No pairtypes are for bonded pair interactions,<br>not for combinations of non-bonded interactions.<br><br>The manual tells you how to do this:<br>[ nonbond_params ]<br>A_ii A_jj&nbsp; 2&nbsp; a&nbsp; b&nbsp; c6<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Wed, 18 Feb 2009 13:31:43 -0500<br>&gt; From: chris.neale@utoronto.ca<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] combination rules -- the part about the combination        rules<br>&gt; <br>&gt; For LJ interactions, use [ pairtypes ]. For Coulombics there is  <br>&gt; unfortunately no analogous solution. I am not clear about exactly what  <br>&gt; you want to do. What "parameters" are you interested in, or by this do  <br>&gt; you just mean LJ and Q?<br>&gt; <br>&gt; Chris.<br>&gt; <br>&gt; -- original message --<br>&gt; <br>&gt; Hello,<br>&gt;      I was wondering how to set up parameters for interactions between  <br>&gt; two different atoms A and B. Since for Gromacs parameters are defined  <br>&gt; to each kind of atom, I cannot specify parameters between A and B. For  <br>&gt; Buckingham potential, the rule was:<br>&gt;     A_ij=(A_ii * A_jj)^(1/2)<br>&gt; So anyone know how to specify this value while not using the  <br>&gt; combination rules?<br>&gt; --snip--<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>