Dear gmx-user,<br><br>I try to build a pure water box in Gromacs, so I just solved one water as solute with genbox.<br><br>When I use tip3p water, my scripts work well. But to switch to tip4p water, there seems a bug, I don&#39;t know whether people have noticed this or not.<br>
<br>The system shows that it added 350 water but just write 349 water in topology file, therefore failed the test of grompp. Any suggestion?<br><br>#####################################################################<br>
Added 350 molecules<br>Generated solvent containing 1400 atoms in 350 residues<br>Writing generated configuration to test_sol.gro<br><br>Back Off! I just backed up test_sol.gro to ./#test_sol.gro.5#<br>salt in water<br><br>
Output configuration contains 1404 atoms in 351 residues<br>Volume&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.95267 (nm^3)<br>Density&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1055.19 (g/l)<br>Number of SOL molecules:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 350&nbsp;&nbsp; <br><br>Processing topology<br>Adding line for 349 solvent molecules to topology file (test.top)<br>
####################################################################<br clear="all"><br>-- <br>Chao Zhang<br>