Hello everyone, <br><br>I&#39;m gonna run MD simulation with a enzyme/substrate system. Here the substrate must connected with the side chain of an activity residue of enzyme through covalent bond. However, i really have no idea about the preparation of such a complex structure file. Actually, i tried to modify the pdb file&nbsp; to combine the substrate and enzyme, but it seemed that pdb2gmx can no t process the substrate part in the structure. <br>
So much thanks for your suggestion.<br><br>Liu Ji<br>