<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br>Dear all,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I do
simulate DMPC+peptide+water+ions system, using OPLS-AA force field.<br>
My peptide has N-terminus: NH3+ &amp; C-terminus: COO- groups. I want to convert it to <br>
N-terminus: NH2, C-terminus: CONH2. The N-terminal capping is easily
done using "pdb2gmx -ter " command, but C-terminal amide capping option
is not incorporated.<br>
Can anyone please suggests me how i can achive this?<br>
Thanks in advance.<br>
<br>Ms. Anindita <span>Gayen<br =""></span>&gt;
C/O Dr. Chaitali Mukhopadhyay<br>Senior Research Fellow<br>
Department of Chemistry<br>
University of Calcutta<br>
92, A. P. C. Road<br>
Kolkata-700 009<br>
India</td></tr></table><br>
      <!--1--><hr size=1></hr> Check out the all-new face of Yahoo! India. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_frontpage_1/*http://in.yahoo.com/?wm=n/"> Click here.</a>