Dear all ,<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have successfully installed gromacs on my &quot;32 bit i686 fedora core linux system&quot; but the problem is when I put the command &quot;mdrun &quot; it gives out put like this<br>
<br>&nbsp;:-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Giant Rising Ordinary Mutants for A Clerical Setup<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 3.3.2&nbsp; (-:<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2007, The GROMACS development team,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br>
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; mdrun&nbsp; (-:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------------<br>
&nbsp; -s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.tpr&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic run input: tpr tpb tpa xml<br>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Full precision trajectory: trr trj<br>&nbsp; -x&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.xtc&nbsp; Output, Opt. Compressed trajectory (portable xdr format)<br>
&nbsp; -c&nbsp;&nbsp;&nbsp; confout.gro&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb xml<br>&nbsp; -e&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic energy: edr ene<br>&nbsp; -g&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.log&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Log file<br>-dgdl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; dgdl.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>
-field&nbsp;&nbsp;&nbsp; field.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-table&nbsp;&nbsp;&nbsp; table.xvg&nbsp; Input, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-tablep&nbsp; tablep.xvg&nbsp; Input, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-rerun&nbsp;&nbsp;&nbsp; rerun.xtc&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb<br>
-tpi&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tpi.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>&nbsp;-ei&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sam.edi&nbsp; Input, Opt.&nbsp; ED sampling input<br>&nbsp;-eo&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sam.edo&nbsp; Output, Opt. ED sampling output<br>&nbsp; -j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; wham.gct&nbsp; Input, Opt.&nbsp; General coupling stuff<br>
&nbsp;-jo&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bam.gct&nbsp; Output, Opt. General coupling stuff<br>-ffout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gct.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-devout&nbsp;&nbsp; deviatie.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-runav&nbsp; runaver.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>&nbsp;-pi&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pull.ppa&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Pull parameters<br>
&nbsp;-po&nbsp;&nbsp;&nbsp; pullout.ppa&nbsp; Output, Opt. Pull parameters<br>&nbsp;-pd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pull.pdo&nbsp; Output, Opt. Pull data output<br>&nbsp;-pn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pull.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Index file<br>-mtx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nm.mtx&nbsp; Output, Opt. Hessian matrix<br>&nbsp;-dn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; dipole.ndx&nbsp; Output, Opt. Index file<br>
<br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------<br>-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit<br>-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<br>-deffnm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the default filename for all file options<br>
-[no]xvgr&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Add specific codes (legends etc.) in the output<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvg files for the xmgrace program<br>-np&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of nodes, must be the same as used for<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp<br>-nt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of threads to start on each node<br>-[no]v&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Be loud and noisy<br>-[no]compact bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Write a compact log file<br>-[no]sepdvdl bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Write separate V and dVdl terms for each<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; interaction type and node to the log file(s)<br>-[no]multi&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Do multiple simulations in parallel (only with<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -np &gt; 1)<br>-replex&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Attempt replica exchange every # steps<br>
-reseed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Seed for replica exchange, -1 is generate a seed<br>-[no]glas&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Do glass simulation with special long range<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; corrections<br>-[no]ionize&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Do a simulation including the effect of an X-Ray<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bombardment on your system<br><br><br>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun, VERSION 3.3.2<br>Source code file: gmxfio.c, line: 706<br><br>Can not open file:<br>
topol.tpr<br>-------------------------------------------------------<br><br>&quot;Rub It Right Accross Your Eyes&quot; (F. Zappa)<br><br>Because&nbsp; I am not expert in linux so I can&#39;t&nbsp; understand what does this output mean is it working properly or not and I also want to know about&nbsp; &quot;can not open file topol.tpr&quot;.<br>
If anyone has idea about this problem could you please let me know .<br><br>Thank you very much in advance.<br><br><br>Nitu Sharma<br><br>Structural&nbsp; biology lab<br>School Of life Sciences<br>Jawaherlal Nehru university<br>
new delhi, India.<br><br><br>