Dear all, <br>I am doing a protein simulation for 20ns in single processor machine. after 11.1ns when I am trying to rerun mdrun its coming out with the following error.<br>--------------------------------------<br>Inner product between old and new vector &lt;= 0.0!<br>
constraint #0 atoms 1 and 2<br>Warning: 1-4 interaction between 1 and 7 at distance inf which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm<br>These are ignored for the rest of the simulation<br>This usually means your system is exploding,<br>
if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>or with user tables increase the table size<br>MPI process rank 0 (n0, p20175) caught a SIGSEGV.<br>-----------------------------<br>Can anybody please give me some clue to solve this?<br>
Thanks in advance<br>Supti Mukhopadhyay<br clear="all"><br><br>