<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<BR>
&nbsp;<BR>
<SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: #444444; FONT-FAMILY: Verdana; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: Tahoma; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA">I change to Gromacs 4.0.4 now, and perform NPT with four CPU cores. The&nbsp;results of continuation runs are still different from the undivided run. Neither phenomenon described previously disappears.</SPAN><BR>
<SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: #444444; FONT-FAMILY: Verdana; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: Tahoma; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA"></SPAN>&nbsp;<BR>
Guang-Jun<BR>
&nbsp;<BR>

<HR id=stopSpelling>
From: gmx3@hotmail.com<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Subject: RE: [gmx-users] About the binary identical continuation by restarting from the checkpoint file<BR>Date: Tue, 24 Feb 2009 14:44:07 +0100<BR><BR>
<STYLE>
.ExternalClass .EC_hmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.EC_hmmessage
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</STYLE>
Hi,<BR><BR>Are you running NPT, single processor with 4.0.3?<BR>Then you are experiencing the bug that the box is not updated in the checkpoint file.<BR>Please change to 4.0.4.<BR><BR>Berk<BR><BR>
<HR id=EC_stopSpelling>
From: guogj@hotmail.com<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Subject: RE: [gmx-users] About the binary identical continuation by restarting from the checkpoint file<BR>Date: Tue, 24 Feb 2009 08:37:38 +0000<BR><BR>
<STYLE>
.ExternalClass .EC_hmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.EC_hmmessage
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</STYLE>
Hi, Mark,<BR>&nbsp;<BR><BR>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: rgb(68,68,68); FONT-FAMILY: Verdana">I reduce the length of test runs to only 6 steps now. The binary identical continuation still cannot be obtained. I use&nbsp;gmxcheck to compare the results according to your suggestions and I find two reasons to cause different trajectories. </SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: rgb(68,68,68); FONT-FAMILY: Verdana">&nbsp;</SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: rgb(68,68,68); FONT-FAMILY: Verdana">One is a water molecule happening to span the Y-boundary of the simulation box. In the undivided run, the molecule&nbsp;locates at the +Y direction while it&nbsp;occurs&nbsp;at the –Y direction in the continuous run. The differences of Y-coordinates are exactly the box length. Certainly, X and Z coordinates in the two runs are indeed identical. </SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: rgb(68,68,68); FONT-FAMILY: Verdana">&nbsp;</SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: rgb(68,68,68); FONT-FAMILY: Verdana">The other one is the velocities of many atoms being different in the fifth or sixth digits. The case becomes more and more serious with time. </SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: rgb(68,68,68); FONT-FAMILY: Verdana">&nbsp;</SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: rgb(68,68,68); FONT-FAMILY: Verdana">After I change the different initial gro files, the first phenomenon disappears because no spanning-boundary water occurs. However, the second one is always there no matter which Gromacs is used, the single-precision&nbsp;or the double-precision. So, my question is how to obtain the binary identical continuation. </SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: rgb(68,68,68); FONT-FAMILY: Verdana">&nbsp;</SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: rgb(68,68,68); FONT-FAMILY: Verdana">regards,</SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: rgb(68,68,68); FONT-FAMILY: Verdana">Guang-Jun</SPAN></P>&nbsp;<BR>&nbsp;<BR><BR>&gt; Date: Mon, 23 Feb 2009 14:37:06 +1100<BR>&gt; From: Mark.Abraham@anu.edu.au<BR>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; Subject: Re: [gmx-users] About the binary identical continuation by restarting from the checkpoint file<BR>&gt; <BR>&gt; GuoGuangjun wrote:<BR>&gt; &gt; Hi, All<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; Before to perform long simulations, I think it is necessary to do <BR>&gt; &gt; continuous runs. I make several tests<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; to check the reliability of restart by using the checkpoint file. First, <BR>&gt; &gt; I do a 6ps-long run, and then do it<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; again by two parts, that is, the first half (3 ps) starts from the same <BR>&gt; &gt; initial gro file, followed by its<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; second half. Here are my operations:<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; grompp -f 6ps1.mdp -c water.gro -p water.top -o 6ps1.tpr<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; mpirun -np 4 mdrun -s 6ps1.tpr -o 6ps1.trr -x 6ps1.xtc -e 6ps1.edr -dlb no<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; grompp -f 3ps.mdp -c water.gro -p water.top -o 3ps.tpr<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; mpirun -np 4 mdrun -s 3ps.tpr -o 6ps2.trr -x 6ps2.xtc -e 6ps2.edr -dlb <BR>&gt; &gt; no -cpo 3ps.cpt<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; tpbconv -s 3ps.tpr -extend 3.0 -o 6ps2.tpr -cont<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; mpirun -np 4 mdrun -s 6ps2.tpr -o 6ps2.trr -x 6ps2.xtc -e 6ps2.edr -dlb <BR>&gt; &gt; no -cpi 3ps.cpt -append<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; The log file tells me----“Restarting from checkpoint, appending to <BR>&gt; &gt; previous log file.” However, when I<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; check the binary files, such as 6ps1.trr and 6ps2.trr, the cmp command <BR>&gt; &gt; tells me they are not identical.<BR>&gt; <BR>&gt; Use gmxcheck for this test. This will give you either confirmation that<BR>&gt; you're achieving your objective, or enough information to find out why not.<BR>&gt; <BR>&gt; &gt; During these tests, I have turned off the gen_vel, optimize_fft, and <BR>&gt; &gt; dynamic load balancing (dlb) according<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; to Gromacs manual and previous posters. How to obtain the binary <BR>&gt; &gt; identical continuation? My computational<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; environments are Gromacs 4.0.3, lammpi 7.1.4, Redhat Linux, two AMD <BR>&gt; &gt; Opteron CPUs with dual cores<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; in each, 500 SPC water molecules, and the NPT ensemble.<BR>&gt; <BR>&gt; Your approach looks right to me.<BR>&gt; <BR>&gt; Mark<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR><BR>
<HR>
更多热辣资讯尽在新版MSN首页! <A href="http://cn.msn.com/">立刻访问!</A><BR>
<HR>
Express yourself instantly with MSN Messenger! <A href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/">MSN Messenger</A><br /><hr />使用新一代 Windows Live Messenger 轻松交流和共享! <a href='http://im.live.cn/messenger.aspx' target='_new'>立刻下载!</a></body>
</html>