<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>Which version of Gromacs are you using?<br>In 4.0, but I think also in 3.3, trjconv ask for both a fit and an output group.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">To: gmx-users@gromacs.org<br>From: jadelman@berkeley.edu<br>Date: Thu, 26 Feb 2009 10:47:38 -0800<br>Subject: [gmx-users] trjconv fit subset of atoms<br><br>
I am trying to use trjconv to generate a new .xtc file in which all frames have been aligned based on a subset of atoms (e.g. I have a multi-domain protein and I want to align the trajectory to one of the domains). Using a standard .ndx file only outputs the atoms associated with the fitted domain. I was wondering if there is a straightforward way to do what I describe without having to hack trjconv?<div><br></div><div>Looking at the source for do_fit.c it looks like if I were to set the mass of atoms that I didn't want to use in the alignment to zero, then it might work, but I am generally trying to avoid having to generate a tpr file since I'm coming from the pdb/psf world.&nbsp;</div><div><br></div><div>Any suggestions would be appreciated.</div><div><br></div><div>Josh<br><br><div> <span class="EC_Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;"><div style="margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;">------------------------------------------------------------------------------------------------------</div><div style="margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;">Joshua L. Adelman</div><div style="margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;">Biophysics Graduate Group&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Lab: 510.643.2159</div><div style="margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;">218 Wellman Hall&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Fax: 510.642.7428</div><div style="margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;">University of California, Berkeley&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://nature.berkeley.edu/%7Ejadelman">http://nature.berkeley.edu/~jadelman</a></div><div style="margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;">Berkeley, CA 94720 USA&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="mailto:jadelman@berkeley.edu">jadelman@berkeley.edu</a></div><div style="margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;">------------------------------------------------------------------------------------------------------</div><br class="EC_Apple-interchange-newline"></span> </div><br></div><br /><hr />See all the ways you can stay connected <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>to friends and family</a></body>
</html>