Hi There,<br>I am trying to do energy minimization of some protein molecule, and I have following queries for the same.<br>1. Can I define some RMSD tolerance, such that RMSD value of the molecule during the energy minimization will not vary more than some predefined value.<br>
2. Which integrator is better to use SD or CG ?<br>3. what algorithm should be used for  long-range electrostatic interaction PME or cut-off.<br> <br>Please suggest for the above queries.<br><br>With thanks,<br>Vivek<br>