Hi,<br><br>If I have 2 mpi environments, namely LAM and openMPI, and I want gromacs to use openMPI of the two, what extra option should I pass during the ./configure step? In my case openMPI is installed locally(in my /home folder).<br>
<br>Thanks,<br>Manik<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 3, 2009 at 10:58 PM, Nicolas <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nsapay@ucalgary.ca">nsapay@ucalgary.ca</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
As mentioned by the error message:<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
   Please run the &quot;lamboot&quot; command the start the LAM/MPI runtime<br>
<br></div>
Before using Lam, you have to boot it. In my scripts, I&#39;ve got something like:<br>
<br>
   lamboot -v $PBS_NODEFILE<br>
   lamrun -v -np $NPROC mdrun mdargs<br>
   lamhalt<br>
<br>
I don&#39;t use Lam often, though, you might need to use different Lam options.<br>
<br>
Nicolas<br>
<br>
Manik Mayur a écrit :<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="Wj3C7c">
Hi,<br>
<br>
I have till now successfully used openMPI and gromacs together. Recently I got a cluster where I tried to install openMPI and gromacs locally as I donot have root priviledges on it. But it turns out that it already has MPI environment on it (LAM) which I donot want to use (as the version is quite old.. the cluster still has gcc-3.2.3!).<br>

So after installing openMPI 1.3 and gromacs 4.0.4 on it (in my /home folder), I tried to execute:<br>
<br>
$/home/openmpi/bin/mpirun -np 4 mdrun_4_mpi -s eql_mpi.tpr -o eql_mpi.trr<br>
<br>
It gives the following error:<br>
<br>
-----------------------------------------------------------------------------<br>
It seems that there is no lamd running on this host, which indicates<br>
that the LAM/MPI runtime environment is not operating.  The LAM/MPI<br>
runtime environment is necessary for MPI programs to run (the MPI<br>
program tired to invoke the &quot;MPI_Init&quot; function).<br>
<br>
Please run the &quot;lamboot&quot; command the start the LAM/MPI runtime<br>
environment.  See the LAM/MPI documentation for how to invoke<br>
&quot;lamboot&quot; across multiple machines.<br>
-----------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
My question is - Why it still tries to look for LAM environment or lamd? I will be extremely thankful if somebody gives a hint.<br>
<br>
-Manik<br>
-- <br>
Graduate student<br>
Microfluidics Lab<br>
Dept. of Mechanical Engg.<br>
IIT Kharagpur<br></div></div>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Graduate student<br>Microfluidics Lab<br>
Dept. of Mechanical Engg.<br>IIT Kharagpur<br>