<br><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Chansoo Kim</b> <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tree.csc@gmail.com">tree.csc@gmail.com</a>&gt;</span><br>Date: Tue, Mar 3, 2009 at 8:28 AM<br>
Subject: Polyethylene (PE) simulations in Gromacs - please!<br>To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><br><br><span style="font-family:AppleMyungjo;font-size:16px"><div style="margin-top:8px;margin-right:8px;margin-bottom:8px;margin-left:8px">
Dear Dr. Benkova and others:<div>
<br></div><div><br></div><div>I am C. Kim and trying to simulation polymer system.</div><div><br></div><div>Since I guessed that polyethylene (PE) is a simple system, it could be not that hard to simulate it in Gromacs.</div>

<div>Trying to do, I have read Dr. Benkova&#39;s articles in gmx-users mailing list to tackle my problems.</div><div>Sorry to say, I could not solve problems, so I am asking your help!</div><div><br></div><div>Actually I have used your files written in followings,</div>

<div><br></div><div><a href="http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg12204.html" target="_blank">http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg12204.html</a><br></div><div><br></div><div>[Q1]</div><div>
After getting the result from the pdb2gmx, I could not see any H-atoms in my system.</div>
<div>All the H-atoms have 0, 0, 0 positions!</div><div>Therefore, my question is</div><div>   how I should define hdb?</div><div><br></div><div>[Q2]</div><div>When I use -C2, and +C1 in hdb file, I always meet error.</div>

<div>Is there any other things to add to the ffopls*.* files...?</div><div><br></div><div>Thank you for your care!</div><div><br></div><div><br></div><div>Sincerely </div><div><br></div><div>C. Kim</div></div></span>
</div><br>