Respected all <br>I drew the structure using the drawing tool available in PRODRG server<br>then I went for  topology file generation,but the server is deleting almost all the hydrogen atoms while writing the topology file for gromacs<br>
can any one tell me why it is doing like this?<br><br>another question I got that is<br>how to change gromacs topology file to charmm topology file <br>(I know for bond length and angle........but for dihedral(improper and proper))<br>
actually i want toi know which function gromacs is using for the calculation of dihedrals..........<br>thanx in advance<br><br clear="all">PRASUN (ASHOKA)<br>