<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:bookman old style, new york, times, serif;font-size:12pt;color:#000000;"><DIV><FONT size=2>
<P><BR>Dear All:<BR><BR>I saw in the manual that by g_chi the NMR and Jcoupling of the system can be calculated. But when I perform the command which is </P>
<P><FONT size=2> </P>
<P>g_chi -s cat125_md.gro -f cat125_md.xtc -o nmr.xvg -jc Jcoupling.xvg -shift </P>
<P> </P>
<P></FONT>Then I got these 2 output file which is:<BR></P>
<P>@ title "Dihedral Order Parameters"</P>
<P>@ xaxis label "Residue"</P>
<P>@ yaxis label "S2"</P>
<P>@TYPE xy</P>
<P>@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85</P>
<P>@ legend on</P>
<P>@ legend box on</P>
<P>@ legend loctype view</P>
<P>@ legend 0.78, 0.8</P>
<P>@ legend length 2</P>
<P>@ s0 legend "S2Min"</P>
<P>@ s1 legend "S2Max"</P>
<P>@ s2 legend "Phi"</P>
<P>@ s3 legend "Psi"</P>
<P>@ s4 legend "Omega"</P>
<P>#Res. S2Min S2Max Phi Psi Omega </P>
<P>127 0.241 0.883 0.883 0.659 0.241 </P>
<P>128 0.241 0.793 0.440 0.793 0.241 </P>
<P>129 0.149 0.312 0.312 0.149 0.307 </P>
<P>130 0.020 0.624 0.624 0.196 0.020 </P>
<P>131 0.131 0.782 0.782 0.674 0.131 </P>
<P>132 0.015 0.865 0.865 0.015 0.463 </P>
<P>133 0.275 0.522 0.522 0.275 0.281 </P>
<P>134 0.262 0.801 0.801 0.262 0.300 </P>
<P>135 0.349 0.611 0.611 0.427 0.349 </P>
<P>136 0.383 0.799 0.799 0.383 0.565 </P>
<P>137 0.562 0.773 0.773 0.562 0.566 </P>
<P>138 0.216 0.810 0.810 0.545 0.216 </P>
<P>139 0.042 0.776 0.042 0.776 0.065 </P>
<P>140 0.319 0.783 0.783 0.319 0.508 </P>
<P>141 0.196 0.882 0.882 0.760 0.196 </P>
<P>142 0.658 0.731 0.731 0.724 0.658 </P>
<P>143 0.033 0.606 0.033 0.606 0.101 </P>
<P>144 0.202 0.888 0.888 0.587 0.202 </P>
<P>145 0.014 0.824 0.217 0.824 0.014 </P>
<P>146 0.236 0.862 0.862 0.236 0.437 </P>
<P>147 0.039 0.814 0.814 0.039 0.449 </P>
<P>148 0.087 0.766 0.766 0.425 0.087 </P>
<P>149 0.028 0.795 0.795 0.028 0.038 </P>
<P>150 0.195 0.952 0.952 0.816 0.195 </P>
<P>151 0.444 0.740 0.635 0.740 0.444 </P>
<P>152 0.155 0.903 0.903 0.155 0.245 </P>
<P>153 0.087 0.581 0.581 0.234 0.087 </P>
<P>154 0.010 0.775 0.775 0.128 0.010 </P>
<P>155 0.110 0.748 0.748 0.215 0.110 </P>
<P>156 0.252 0.618 0.618 0.252 0.299 </P>
<P>157 0.020 0.688 0.020 0.688 0.032 </P>
<P>158 0.285 0.757 0.757 0.285 0.396 </P>
<P>159 0.213 0.827 0.672 0.827 0.213 </P>
<P>160 0.023 0.438 0.438 0.023 0.270 </P>
<P>161 0.197 0.912 0.912 0.783 0.197 </P>
<P>162 0.040 0.368 0.368 0.040 0.095 </P>
<P>163 0.112 0.563 0.235 0.563 0.112 </P>
<P>164 0.207 0.666 0.666 0.207 0.610 </P>
<P>165 0.128 0.872 0.872 0.128 0.174 </P>
<P>166 0.024 0.281 0.096 0.281 0.024 </P>
<P>167 0.057 0.798 0.798 0.057 0.475 </P>
<P>168 0.210 0.821 0.821 0.296 0.210 </P>
<P>169 0.252 0.488 0.370 0.488 0.252 </P>
<P>170 0.610 0.723 0.723 0.717 0.610 </P>
<P>171 0.232 0.716 0.716 0.624 0.232 </P>
<P>172 0.102 0.892 0.892 0.102 0.215 </P>
<P>173 0.068 0.089 0.089 0.086 0.068 </P>
<P>174 0.450 0.899 0.899 0.827 0.450 </P>
<P>175 0.001 0.209 0.001 0.209 0.042 </P>
<P>176 0.139 0.528 0.528 0.140 0.139 </P>
<P>177 0.165 0.531 0.165 0.531 0.168 </P>
<P>178 0.194 0.662 0.662 0.285 0.194 </P>
<P>179 0.197 0.517 0.197 0.517 0.225 </P>
<P>180 0.144 0.470 0.470 0.239 0.144 </P>
<P>181 0.371 0.597 0.597 0.429 0.371 </P>
<P>182 0.603 0.909 0.909 0.881 0.603 </P>
<P>183 0.149 0.731 0.731 0.149 0.479 </P>
<P>184 0.233 0.845 0.845 0.707 0.233 </P>
<P>185 0.006 0.828 0.828 0.006 0.707 </P>
<P>186 0.142 0.682 0.582 0.682 0.142 </P>
<P>187 0.002 0.552 0.552 0.003 0.002 </P>
<P>188 0.331 0.637 0.601 0.637 0.331 </P>
<P>189 0.477 0.787 0.609 0.787 0.477 </P>
<P>190 0.030 0.284 0.251 0.030 0.284 </P>
<P>191 0.371 0.868 0.868 0.772 0.371 </P>
<P>192 0.227 0.957 0.957 0.227 0.443 </P>
<P>193 0.005 0.409 0.409 0.228 0.005 </P>
<P>194 0.224 0.780 0.561 0.780 0.224 </P>
<P>195 0.678 0.845 0.830 0.845 0.678 </P>
<P>196 0.206 0.307 0.283 0.206 0.307 </P>
<P>197 0.141 0.856 0.856 0.286 0.141 </P>
<P>198 0.313 0.649 0.435 0.649 0.313 </P>
<P>199 0.019 0.048 0.019 0.048 0.027 </P>
<P>200 0.055 0.805 0.805 0.055 0.347 </P>
<P>201 0.073 0.334 0.073 0.334 0.103 </P>
<P>202 0.217 0.648 0.602 0.648 0.217 </P>
<P>203 0.040 0.622 0.622 0.349 0.040 </P>
<P>204 0.017 0.838 0.017 0.838 0.117 </P>
<P>205 0.024 0.192 0.024 0.192 0.043 </P>
<P>206 0.006 0.785 0.006 0.785 0.459 </P>
<P>207 0.158 0.172 0.158 0.167 0.172 </P>
<P>208 0.479 0.751 0.732 0.751 0.479 </P>
<P>209 0.328 0.925 0.925 0.855 0.328 </P>
<P>210 0.325 0.589 0.589 0.325 0.507 </P>
<P>211 0.495 0.944 0.944 0.680 0.495 </P>
<P>212 0.127 0.689 0.689 0.127 0.513 </P>
<P>213 0.385 0.899 0.899 0.858 0.385 </P>
<P>214 0.181 0.417 0.181 0.198 0.417 </P>
<P>215 0.199 0.832 0.832 0.757 0.199 </P>
<P>216 0.479 0.836 0.836 0.771 0.479 </P>
<P>217 0.787 0.860 0.860 0.787 0.817 </P>
<P>218 0.174 0.887 0.887 0.174 0.318 </P>
<P>219 0.321 0.837 0.837 0.561 0.321 </P>
<P>220 0.141 0.186 0.152 0.141 0.186 </P>
<P>221 0.104 0.864 0.783 0.864 0.104 </P>
<P>222 0.245 0.371 0.288 0.245 0.371 </P>
<P>223 0.035 0.363 0.198 0.035 0.363 </P>
<P>224 0.013 0.823 0.013 0.823 0.110 </P>
<P>225 0.020 0.897 0.897 0.020 0.787 </P>
<P>226 0.269 0.821 0.779 0.821 0.269 </P>
<P>227 0.101 0.846 0.175 0.846 0.101 </P>
<P>228 0.218 0.412 0.358 0.412 0.218 </P>
<P>229 0.259 0.750 0.601 0.750 0.259 </P>
<P>230 0.671 0.901 0.685 0.901 0.671 </P>
<P>231 0.267 0.340 0.340 0.276 0.267 </P>
<P>232 0.070 0.869 0.070 0.869 0.158 </P>
<P>233 0.534 0.902 0.902 0.839 0.534 </P>
<P>234 0.009 0.280 0.009 0.280 0.096 </P>
<P>235 0.103 0.765 0.630 0.765 0.103 </P>
<P>236 0.130 0.172 0.172 0.157 0.130 </P>
<P>237 0.214 0.869 0.869 0.214 0.246 </P>
<P>238 0.111 0.707 0.707 0.467 0.111 </P>
<P>239 0.338 0.682 0.682 0.576 0.338 </P>
<P>240 0.460 0.936 0.936 0.833 0.460 </P>
<P>241 0.854 0.942 0.942 0.862 0.854 </P>
<P>242 0.592 0.827 0.827 0.771 0.592 </P>
<P>243 0.118 0.717 0.717 0.118 0.529 </P>
<P>244 0.549 0.719 0.719 0.631 0.549 </P>
<P>245 0.066 0.660 0.660 0.066 0.297 </P>
<P>246 0.205 0.867 0.867 0.205 0.585 </P>
<P>247 0.029 0.176 0.046 0.176 0.029 </P>
<P>248 0.092 0.782 0.092 0.782 0.222 </P>
<P>249 0.141 0.341 0.164 0.341 0.141 </P>
<P>250 0.061 0.699 0.699 0.061 0.491 </P>
<P> </P>
<P> </P>
<P> </P><FONT size=2>
<P>@ title "\S3\NJ-Couplings from Karplus Equation"</P>
<P>@ xaxis label "Residue"</P>
<P>@ yaxis label "Coupling"</P>
<P>@TYPE xy</P>
<P>@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85</P>
<P>@ legend on</P>
<P>@ legend box on</P>
<P>@ legend loctype view</P>
<P>@ legend 0.78, 0.8</P>
<P>@ legend length 2</P>
<P>@ s0 legend "J_NHa"</P>
<P>@ s1 legend "J_HaC'"</P>
<P>@ s2 legend "J_NHCb"</P>
<P>@ s3 legend "J_Ci-1Hai"</P>
<P>@ s4 legend "J_HaN"</P>
<P>@ s5 legend "JHaHb2"</P>
<P>@ s6 legend "JHaHb3"</P>
<P>#Res. J_NHa J_HaC' J_NHCb J_Ci-1Hai J_HaN JHaHb2 JHaHb3 </P>
<P>127 2.738 0.812 5.396 0.703 -0.615 0.000 0.000</P>
<P>128 6.686 1.739 1.175 0.650 -0.714 0.000 0.000</P>
<P>129 4.360 2.977 1.561 2.100 -0.838 0.000 0.000</P>
<P>130 7.197 1.005 1.583 1.017 -0.369 0.000 0.000</P>
<P>131 4.079 4.118 0.310 2.126 -0.607 0.000 0.000</P>
<P>132 2.207 1.829 4.550 -0.717 -0.650 0.000 0.000</P>
<P>133 3.642 0.656 4.881 1.304 -0.426 0.000 0.000</P>
<P>134 4.814 3.513 0.551 3.048 -0.606 0.000 0.000</P>
<P>135 5.758 1.910 1.744 0.228 -0.577 0.000 0.000</P>
<P>136 2.819 4.361 0.884 0.802 -0.962 0.000 0.000</P>
<P>137 4.843 2.296 2.010 -0.071 -0.375 0.000 0.000</P>
<P>138 2.784 4.509 0.710 0.511 -0.323 0.000 0.000</P>
<P>139 5.410 2.086 1.778 1.919 -0.518 0.000 0.000</P>
<P>140 2.824 3.710 1.575 -0.186 -0.347 0.000 0.000</P>
<P>141 2.434 1.038 5.346 0.219 -0.476 0.000 0.000</P>
<P>142 3.390 0.738 4.993 1.479 -0.324 0.000 0.000</P>
<P>143 5.025 2.013 2.090 0.925 -0.378 0.000 0.000</P>
<P>144 7.412 2.055 0.346 0.806 -0.468 0.000 0.000</P>
<P>145 3.878 2.934 1.862 1.239 -0.682 0.000 0.000</P>
<P>146 4.724 3.681 0.405 2.987 -1.001 0.000 0.000</P>
<P>147 5.350 2.496 1.408 3.620 -0.421 0.000 0.000</P>
<P>148 8.166 0.768 1.193 1.158 -0.489 0.000 0.000</P>
<P>149 2.591 4.064 1.342 -0.074 -0.379 0.000 0.000</P>
<P>150 2.427 4.983 0.419 0.537 -0.646 0.000 0.000</P>
<P>151 3.135 3.220 1.945 0.094 -1.143 0.000 0.000</P>
<P>152 8.602 1.482 0.113 1.377 -0.579 0.000 0.000</P>
<P>153 4.079 1.634 3.365 0.013 -0.364 0.000 0.000</P>
<P>154 7.442 1.737 0.678 0.847 -0.666 0.000 0.000</P>
<P>155 4.959 2.830 1.276 3.203 -0.791 0.000 0.000</P>
<P>156 5.190 1.609 2.577 3.257 -0.590 0.000 0.000</P>
<P>157 4.271 1.911 2.787 0.877 -0.538 0.000 0.000</P>
<P>158 2.336 3.905 1.705 -0.429 -0.564 0.000 0.000</P>
<P>159 7.579 1.494 0.850 0.999 -0.319 0.000 0.000</P>
<P>160 7.044 0.836 1.932 1.028 -0.553 0.000 0.000</P>
<P>161 2.648 2.400 3.536 -0.944 -0.264 0.000 0.000</P>
<P>162 6.340 1.663 1.553 0.628 -0.399 0.000 0.000</P>
<P>163 4.908 1.591 2.800 2.209 -0.369 0.000 0.000</P>
<P>164 5.668 1.630 1.936 0.363 -0.528 0.000 0.000</P>
<P>165 4.868 1.520 2.617 -0.323 -0.543 0.000 0.000</P>
<P>166 4.401 1.838 2.831 1.508 -0.751 0.000 0.000</P>
<P>167 2.505 1.133 5.176 0.417 -0.360 0.000 0.000</P>
<P>168 2.267 1.458 4.953 -0.321 -0.375 0.000 0.000</P>
<P>169 5.992 1.550 2.004 0.806 -0.293 0.000 0.000</P>
<P>170 4.515 1.196 3.619 2.760 -0.308 0.000 0.000</P>
<P>171 6.448 1.003 2.116 0.377 -0.936 0.000 0.000</P>
<P>172 8.031 0.335 1.752 1.092 -0.341 0.000 0.000</P>
<P>173 4.849 2.618 1.579 1.793 -0.641 0.000 0.000</P>
<P>174 2.612 0.828 5.470 0.568 -0.741 0.000 0.000</P>
<P>175 4.101 1.777 3.079 0.533 -0.381 0.000 0.000</P>
<P>176 6.619 0.853 2.193 0.752 -0.718 0.000 0.000</P>
<P>177 3.671 1.365 3.956 0.667 -0.935 0.000 0.000</P>
<P>178 4.519 0.904 3.965 2.496 -0.360 0.000 0.000</P>
<P>179 5.901 2.545 0.934 2.886 -0.331 0.000 0.000</P>
<P>180 5.186 2.433 1.579 0.366 -0.461 0.000 0.000</P>
<P>181 6.208 0.693 2.663 0.488 -1.138 0.000 0.000</P>
<P>182 7.311 0.473 2.093 0.770 -0.440 0.000 0.000</P>
<P>183 2.835 1.665 4.274 -0.339 -0.463 0.000 0.000</P>
<P>184 3.629 4.396 0.298 1.804 -0.405 0.000 0.000</P>
<P>185 4.197 0.559 4.623 2.495 -0.531 0.000 0.000</P>
<P>186 6.713 1.619 1.381 0.809 -0.579 0.000 0.000</P>
<P>187 4.467 1.810 2.851 -0.022 -0.509 0.000 0.000</P>
<P>188 6.770 0.571 2.415 0.617 -0.468 0.000 0.000</P>
<P>189 6.868 0.881 1.982 0.653 -0.311 0.000 0.000</P>
<P>190 4.827 2.197 1.951 0.633 -0.512 0.000 0.000</P>
<P>191 2.602 4.669 0.666 0.599 -0.468 0.000 0.000</P>
<P>192 2.207 2.407 3.859 -1.108 -0.580 0.000 0.000</P>
<P>193 3.999 3.275 1.310 1.057 -0.635 0.000 0.000</P>
<P>194 5.814 1.584 1.901 0.480 -0.716 0.000 0.000</P>
<P>195 6.672 0.835 2.137 0.430 -0.702 0.000 0.000</P>
<P>196 3.627 3.495 1.336 0.727 -0.469 0.000 0.000</P>
<P>197 8.859 0.799 0.669 1.489 -0.399 0.000 0.000</P>
<P>198 6.952 1.152 1.645 0.876 -0.819 0.000 0.000</P>
<P>199 4.413 1.932 2.656 0.407 -0.454 0.000 0.000</P>
<P>200 8.417 1.271 0.496 1.365 -0.354 0.000 0.000</P>
<P>201 5.990 1.195 2.345 1.196 -0.484 0.000 0.000</P>
<P>202 5.321 2.936 0.861 3.141 -0.374 0.000 0.000</P>
<P>203 7.414 1.411 1.082 1.015 -0.727 0.000 0.000</P>
<P>204 2.916 3.297 2.145 -0.013 -0.671 0.000 0.000</P>
<P>205 5.700 1.964 1.669 1.564 -0.662 0.000 0.000</P>
<P>206 6.136 2.036 1.284 1.781 -0.801 0.000 0.000</P>
<P>207 3.755 1.941 3.204 0.323 -0.395 0.000 0.000</P>
<P>208 2.982 3.169 2.090 -0.308 -0.516 0.000 0.000</P>
<P>209 5.947 2.192 1.354 4.210 -0.654 0.000 0.000</P>
<P>210 5.033 1.802 2.471 3.104 -0.369 0.000 0.000</P>
<P>211 1.938 4.893 0.852 -0.129 -0.336 0.000 0.000</P>
<P>212 4.717 2.126 2.294 -0.116 -0.446 0.000 0.000</P>
<P>213 2.103 4.668 1.001 -0.020 -0.363 0.000 0.000</P>
<P>214 5.936 1.533 1.998 0.747 -0.846 0.000 0.000</P>
<P>215 5.606 2.427 1.268 0.026 -0.613 0.000 0.000</P>
<P>216 4.131 0.619 4.605 2.358 -0.722 0.000 0.000</P>
<P>217 2.565 1.054 5.232 0.413 -0.639 0.000 0.000</P>
<P>218 4.775 2.636 1.652 -0.333 -0.407 0.000 0.000</P>
<P>219 7.130 2.049 0.558 0.675 -0.581 0.000 0.000</P>
<P>220 4.181 3.160 1.305 0.116 -0.575 0.000 0.000</P>
<P>221 5.255 2.579 1.372 3.499 -0.256 0.000 0.000</P>
<P>222 3.658 1.730 3.510 1.569 -0.509 0.000 0.000</P>
<P>223 5.612 1.466 2.414 1.331 -0.656 0.000 0.000</P>
<P>224 2.366 2.702 3.251 -0.809 -0.362 0.000 0.000</P>
<P>225 5.846 1.003 2.518 0.070 -0.598 0.000 0.000</P>
<P>226 4.889 3.186 0.885 3.095 -0.837 0.000 0.000</P>
<P>227 4.410 2.708 1.794 1.776 -0.600 0.000 0.000</P>
<P>228 4.447 1.077 3.756 0.808 -0.402 0.000 0.000</P>
<P>229 6.669 0.574 2.481 0.581 -0.664 0.000 0.000</P>
<P>230 4.543 3.062 1.308 -0.349 -0.592 0.000 0.000</P>
<P>231 5.481 2.179 1.670 2.945 -0.357 0.000 0.000</P>
<P>232 3.358 1.874 3.443 -0.117 -0.617 0.000 0.000</P>
<P>233 5.518 2.913 0.781 3.798 -0.566 0.000 0.000</P>
<P>234 4.332 2.280 2.300 0.466 -0.574 0.000 0.000</P>
<P>235 7.574 1.105 1.248 0.936 -0.668 0.000 0.000</P>
<P>236 5.572 1.067 2.883 1.011 -0.885 0.000 0.000</P>
<P>237 4.828 3.574 0.467 3.123 -0.466 0.000 0.000</P>
<P>238 6.403 1.971 1.191 0.429 -0.364 0.000 0.000</P>
<P>239 4.550 2.120 2.425 -0.188 -0.664 0.000 0.000</P>
<P>240 5.813 2.598 0.957 4.096 -0.706 0.000 0.000</P>
<P>241 3.360 2.367 2.709 -0.884 -0.516 0.000 0.000</P>
<P>242 7.158 1.997 0.601 0.725 -0.616 0.000 0.000</P>
<P>243 3.885 4.236 0.312 1.921 -0.649 0.000 0.000</P>
<P>244 7.853 0.897 1.278 0.998 -0.849 0.000 0.000</P>
<P>245 4.477 2.822 1.620 2.708 -0.723 0.000 0.000</P>
<P>246 5.469 2.529 1.255 -0.040 -0.668 0.000 0.000</P>
<P>247 2.905 3.159 2.354 0.197 -0.540 0.000 0.000</P>
<P>248 5.566 1.784 2.065 1.612 -0.290 0.000 0.000</P>
<P>249 5.790 1.456 2.153 0.789 -0.350 0.000 0.000</P>
<P>250 4.869 1.207 3.326 3.106 -0.791 0.000 0.000</P>
<P> </P></FONT>
<P> </P>
<P>My question is what the value should be for the NMR and Jcoupling? Does anyone knows how to calculate the NMR of the simulated system ?</P>
<P> </P>
<P>Thanks for the comments.<BR><BR><BR>NAIMAH HARON<BR>DEPARTMENT OF CHEMISTRY,<BR>FACULTY OF SCIENCE,<BR>UNIVERSITY PUTRA MALAYSIA,<BR>MALAYSIA.<BR><BR></P>
<P> </P></FONT></DIV></div><br>
</body></html>