<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>So it is not a charge group problem then.<br><br>You also don't have pair interactions that act on much longer distances than atoms separated by 4 bonds?<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Wed, 4 Mar 2009 05:33:15 -0800<br>From: lastexile7gr@yahoo.de<br>Subject: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions        Gromacs 4.0.3<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">Hello,<br><br>by charge groups you are referring to charge group number (cgnr) in the topology file.<br>Every single atom in my chains belongs to a different charge group. My chains are polymer ones (identical) with 455 atoms each. A sample of my topology file is the following:<br><br>[ atoms ]<br>&nbsp;; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr&nbsp; residu&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp; charge<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; a1_pp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; a1_pp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; a1_pp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 3&nbsp;&nbsp; 0.000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; a1_pp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 0.000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; a1_pp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 0.000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; a1_pp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 0.000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; a1_pp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 0.000<br>...<br><br>I think that that way I do not have big charge groups. My simulations seem reasonable using this notation. <br><br>Thank you,<br>Nikos<br><br>--- Berk Hess <i>&lt;gmx3@hotmail.com&gt;</i> schrieb am <b>Mi,
 4.3.2009:<br></b><blockquote style="margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><b>Von: Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>Betreff: RE: WG: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions Gromacs 4.0.3<br>An: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Datum: Mittwoch, 4. März 2009, 14:00<br><br></b><div id="EC_yiv2098930911">

<style>
.ExternalClass #EC_yiv2098930911 .EC_hmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass #EC_yiv2098930911
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</style>
<b>Hi,<br><br>The question is not if you are using electrostatics or not, but how large your charge groups are<br>(a better name for charge groups in Gromacs would be neighbor search groups).<br><br>The warning you get is for bonded interactions, but it will usually mean that your system<br>is exploding.<br>Because changing table-extension solved your problem, one guess would be that you have<br>too large charge groups, causing non-bonded interactions to be at a too long distance,<br>which makes your system explode, which in turn gives the bonded interaction error.<br><br>Berk<br><br></b><hr id="EC_stopSpelling"><b>Date: Wed, 4 Mar 2009 03:48:33 -0800<br>From: lastexile7gr@yahoo.de<br>Subject: WG: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded        interactions Gromacs 4.0.3<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br></b><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit;" valign="top"><br><br>--- Claus Valka <i>&lt;lastexile7gr@yahoo.de&gt;</i> schrieb am <b>Mi, 4.3.2009:<br></b><blockquote style="margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><b>Von: Claus Valka &lt;lastexile7gr@yahoo.de&gt;<br>Betreff: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions Gromacs 4.0.3<br>An: "Berk Hess" &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>Datum: Mittwoch, 4. März 2009, 12:47<br><br></b><div id="EC_EC_yiv1174951385"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit;" valign="top">Dear Sir Berk,<br><br>Thank you for your quick response.. I simulate a system which has 80 chains in total each having 455 atoms. I do not use any
 electrostatics. The box size vary in each direction with the biggest dimension to be less than 30nm. <br><br>The function I'm using is switch. The cut-off I'm using is 0.895nm. I also have frozen the 64 chains in freezegrps option in the mdp file in all directions. Judging from what you are telling me, I deduce that I correctly assign the table-extension parameter big enough. I'm not interested in taking into account LJ interactions (either pairs or not) that are more than my cut-off distance. So not even to mention in a distance bigger than: table-ext+cut off.<br><br>Also reading again the error it is referring to bonded interactions...<br><br>Yours SIncerely,<br>Nikos<br><br>--- Berk Hess
 <i>&lt;gmx3@hotmail.com&gt;</i> schrieb am <b>Mi, 4.3.2009:<br></b><blockquote style="margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><b>Von: Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>Betreff: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions Gromacs 4.0.3<br>An: lastexile7gr@yahoo.de<br>Datum: Mittwoch, 4. März 2009, 12:21<br><br></b><div id="EC_EC_yiv1959079355">

<style>
.ExternalClass #EC_yiv2098930911 .EC_ExternalClass #EC_EC_yiv1174951385 #EC_EC_yiv1959079355 .EC_EC_hmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass #EC_yiv2098930911 .EC_ExternalClass #EC_EC_yiv1174951385 #EC_EC_yiv1959079355
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</style>
<b>Hi,<br><br>table-extension affects the tables for both pair and non-bonded ionteractions.<br>non-bonded interactions use tables when you use, shift, switch, PME or user potentials.<br><br>You are not by chance simulating large molecules which consist of a single charge group<br>or of very large charge groups?<br><br>Berk<br><br></b><hr id="EC_EC_stopSpelling"><b>Date: Wed, 4 Mar 2009 03:12:19 -0800<br>From: lastexile7gr@yahoo.de<br>Subject: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions        Gromacs 4..0.3<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br></b><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit;" valign="top"><div id="EC_EC_EC_yiv174728022">Hello,<br><br>the system I'm referring at is an already equilibrated one. Before, I had already made steepest
 descents. <br><br>You are correct that I have non-bonded interactions at distances that are more than cut-off+table ext distance. I used to put table ext very bin in contrast to my box. My system box was something less than 5nm before and table-ext was 5nm at the time. Now that I simulate a much bigger system than before (in one dimension 6 times bigger), I realized that I had to increase also this parameter.<br><br>Since this parameter affects only the pairs interactions I do not see the reason why my simulations are affected by it, even if it is already big enough (5nm in a 30nm box). My pairs interactions are (should) not (be) more that 1nm far away..<br><br>I had extensively tested this parameter in gromacs 3, and I saw that it
 affects the pairs interactions only. So I decided to increase it very much and not bother with it.<br><br>Is there any difference in newest versions? Does it affect anything more?<br><br>Thank you,<br>Nikos<br><br><br>--- Berk Hess <i>&lt;gmx3@hotmail.com&gt;</i> schrieb am <b>Mi, 4.3.2009:<br></b><blockquote style="margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><b>Von: Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>Betreff: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions Gromacs 4.0.3<br>An: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs..org&gt;<br>Datum: Mittwoch, 4. März 2009, 9:23<br><br></b><div id="EC_EC_EC_yiv779874946">

<style>
.ExternalClass #EC_yiv2098930911 .EC_ExternalClass #EC_EC_yiv1174951385 #EC_EC_yiv1959079355 .EC_EC_ExternalClass #EC_EC_EC_yiv174728022 #EC_EC_EC_yiv779874946 .EC_EC_EC_hmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass #EC_yiv2098930911 .EC_ExternalClass #EC_EC_yiv1174951385 #EC_EC_yiv1959079355 .EC_EC_ExternalClass #EC_EC_EC_yiv174728022 #EC_EC_EC_yiv779874946
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</style>

<b> 



Hi,<br><br>Your solution seems to indicate that your system is unstable.<br>My guess is that your system was not well equilibrated and at some point<br>some non-bonded interactions were at a distance of more than cut-off+tab_ext.<br>That would make your system explode. In that case increasing tab_ext to 2 nm<br>should also suffice.<br><br>Berk<br><br><br></b><hr id="EC_EC_EC_stopSpelling"><b>Date: Tue, 3 Mar 2009 08:33:52 -0800<br>From: lastexile7gr@yahoo.de<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions        Gromacs 4.0.3<br><br></b><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit;" valign="top"><div id="EC_EC_EC_EC_yiv1766533448">Hello,<br><br><br><br>this has to do with my personal experience of using Gromacs version
 4.0.3. So this is not an
 official response.<br><br>The story:<br><br><br>While I was trying to run an NVT simulation in a monoclinic box I encountered the following problem:<br><br><br>Fatal error:<br>25 of the 336080 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (0.895 nm) or the two-body cut-off distance (0.895 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck<br><br><br><br><br>and the:<br>Not all bonded interactions have been properly assigned to the domain decomposition cells<br><br>Trying to put aside the fact that my system had any bug I found in the net the
 following:<br>http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2008-January/002373.html<br><br>In order to overcome this error I increased the value of<br>table-extension&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30<br>in my mdp file in such a way, as to be bigger from my biggest dimension I had in my system. The ran proceeded (until now that I'm writing this e-mail) without any problem.<br><br>This value has to do with the cut-off of pairs1-4 LJ interactions and is calculated in nm.<br><br>JFYI<br>Regards,<br>Nikos<br><br><br><br></div></td></tr></tbody></table><b><br><br></b><hr><b>See all the ways you can stay connected <a rel="nofollow" href="http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx">to friends and family</a> 
</b></div><pre><b>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</b></pre></blockquote></div></td></tr></tbody></table><b><br><br></b><hr><b>What can you do with the new Windows Live? <a rel="nofollow" href="http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx">Find out</a> 
</b></div></blockquote></td></tr></tbody></table><b><br>


      </b></div></blockquote></td></tr></tbody></table><b><br><br></b><hr><b>Express yourself instantly with MSN Messenger! <a rel="nofollow" href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/">MSN Messenger</a> 
</b></div><pre><b>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</b></pre></blockquote></td></tr></tbody></table><br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>