Dear All:<div><br></div><div><br></div><div><b><font class="Apple-style-span" color="#000099">[1 - Situation]</font></b></div><div>I am trying to define &quot;stretch&quot; between two bonded atoms (for example, in my system PE (polyethylene), C-C).</div>
<div><br></div><div><b><font class="Apple-style-span" color="#3333FF">[2 - ffoplsaa.rtp file]</font></b></div><div>In ffoplsaa.rtp file, I assigned </div><div>   C1    &gt;     opls_136</div><div>   C2    &gt;     opls_135</div>
<div>This can be done by my own idea, so it does not bother anything.</div><div>And totally okay.</div><div><br></div><div><b><font class="Apple-style-span" color="#3333FF">[3 - opls_xxx and atom type]</font></b></div><div>
I found that the oplsaa interpret those &quot;opls_xxx&quot; atoms to atom types (which are in ffoplsaabon.itp file) as follows,</div><div>   opls_136     &gt;     CT</div><div>   opls_135     &gt;     CT.</div><div><br></div>
<div><div>( from a file containing </div><div> opls_136   CT  6     12.01100    -0.120       A    3.50000e-01  2.76144e-01</div><div> opls_137   CT  6     12.01100    -0.060       A    3.50000e-01  2.76144e-01</div><div>)</div>
<div><br></div><div><font class="Apple-style-span" color="#3333FF"><b>[4 - ffoplsaabon.itp]</b></font></div><div>Based on the information in the section [2] and [3] above, I added following two sentences in the ffoplsaabon.itp file.</div>
<div><br></div><div><div>   [ bondtypes ]</div><div>   ; i    j  func       b0          kb</div></div><div>     CT    CT      1    0.14900   334720.0   ;</div><div><br></div><div><b><font class="Apple-style-span" color="#3333FF">[5 - pdb2gmx result]</font></b></div>
<div>Until the section [4], I have new ffoplsaabon.itp file, so I ran pdb2gmx for my PE system.</div><div>After that, when I looked at the topology file (e.g. topol.top), I could not find any information in the [ bonds ] section (after the [ atoms ] section).</div>
<div>In other words, topol.top shows nothing in [ bonds ] section.</div><div>     [ bonds ]</div><div>     ;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3</div><div>         1     2     1</div><div>
<br></div><div><b><font class="Apple-style-span" color="#3333FF">[6 - Question!]</font></b></div><div>I think my mistake came from section [3] or [4].</div><div>   (1) Would you please let me know what I did wrong...?</div>
<div>   (2) If someone is familiar with defining stretch, angle, dihedral and torsion in ffoplsaabon.itp, would you please give me an idea on how-to?</div><div>   (3) Would you please summarize how the gromacs maps opls_xxx with atom type (C, CT... etc)?</div>
<div><br></div><div><b><font class="Apple-style-span" color="#3333FF">[7 - Thank you!]</font></b></div><div>Thank you so much your participation and help!!!</div><div><br></div><div><br></div><div>Sincerely,</div><div><br>
</div><div>Kim</div><div><br></div></div>