<div>Hello, gmx users</div>
<div>I&#39;ve been doing SMD with gromacs program. being a new user, i have some questions. </div>
<div>I want to pull a small oragnic compound throught a cyclic peptide nanotube which was inserted in the bilayer.</div>
<div>1.  As some papers mentioned that the velocity is very important, what velocity should i use in the afm_rate1 option? i am also not sure about the afm_k1 option.</div>
<div>2. The nanotube is not parallel to any axis, what value should i use in the pulldim and afm_dir options?</div>
<div>3. should the reference group in my system be the nanotube and the group_1 be the small compound?</div>
<div> </div>
<div>Thank you for you attention. Hope for your reply</div>
<div> </div>
<div>Huifang<br>-- <br>Huifang Liu (Ph.D. Student)<br>School of Pharmacy<br>Fudan University<br><br>138 Yi Xue Yuan Rd.          Tel: (86-21)54237419 (O)<br>Shanghai, China, 200032     Cell phone: +86-13764669357<br>E-mail: <a href="mailto:huifangliu1985@gmail.com">huifangliu1985@gmail.com</a> Fax: (86-21)54237264<br>
</div>