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<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Hello,<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">I have a problem in extending a MD simulation in Gromacs.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">When I use 32 processors for the calculation, everything goes OK. The simulation finishes well and I can extend it with tpbconv.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">However, I would like to increase the number of processors used up to 64. <o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Using the same options for mdrun as I have used for 32 proc except for the number of processors:<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Courier New">srun<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>-n 64 /gpfs/apps/GROMACS/4.0.2/bin/mdrun -v -deffnm equilibrado9 -dlb auto<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">I get this error:<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Courier New">-------------------------------------------------------<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Courier New">Program mdrun, VERSION 4.0.2<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Courier New">Source code file: domdec_setup.c, line: 132<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Courier New" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Courier New">Fatal error:<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Courier New">Could not find an appropriate number of separate PME nodes. i.e. &gt;= 0.474960*#nodes (58) and &lt;= #nodes/2 (64) and reasonable performance wise (grid_x=384, grid_y=162).<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Courier New">Use the -npme option of mdrun or change the number of processors or the PME grid dimensions, see the manual for details.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">When I changed to <o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Courier New">srun<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>-n 64 /gpfs/apps/GROMACS/4.0.2/bin/mdrun -v -deffnm equilibrado9 -dlb auto –npme 32<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Courier New" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">the calculation finished correctly. However, when I try to extend this simulation with tpbconv:<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>/<FONT face="Courier New">gpfs/apps/GROMACS/4.0.4/bin/tpbconv -s equilibrado9.tpr -f equilibrado9.trr -e equilibrado9.edr -n index.ndx -o equilibrado10.tpr -extend 1600</FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">The process dies, I don´t know why:<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Courier New">READING COORDS, VELS AND BOX FROM TRAJECTORY equilibrado9.trr...<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Courier New" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Courier New">Opened equilibrado9.edr as single precision energy file<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Courier New">trn version: GMX_trn_file (single precision)<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Courier New">Read<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>trr frame<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>452: step 2652000 time 5304.000Killed<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">When I used gmxcheck I have not found anything strange. I have also tried with the version 4.0.4 of Gromacs to do tpbconv, but the error is the same. This occurred in several calculations, always using 64 processors and -npme 32,&nbsp;so it is not a punctual error, something must be happening in the calculation but I don´t know what.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Does anybody has any idea?<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Thank you very much for your help in advance,<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>Rebeca Garcia</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>Parc Cientific of Barcelona</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>regafan@hotmail.com</FONT></P><br /><hr />Nuevo Windows Live, un mundo lleno de posibilidades <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>Descúbrelo.</a></body>
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