i have ran a particular MD of protein in water for 100ps (50,000 steps) in a variety of combinations<br><br>1. on a single processor( non-mpi) intel core2duo 2.2Ghz 2 GB ram time taken : 1hr 30 min<br>2. 2 processors on a single machine (MPI) similar specs time taken : 35 min<br>
3 .2 processors on different machines (mpi) similar specs time taken : 1hr 5 min<br>4 .5 processors on 5 different machines (mpi) similar specs time taken: 38 min<br>5.10 processors on 5 different machines(mpi) similar specs time taken: 45 min<br>
<br>OS<br>for 1- open discovery ( fedora 9)<br>for 2-5 Rocks cluster 5.1<br><br>network connectivity Gigabit on cat6<br>Are the above specified time intervals normal or i am making big big mistakes.<br>comments are invited.<br clear="all">
kala bharath<br>