<div>Hello GMX user,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I want to pull&nbsp; a compound named UNK (whose initial&nbsp;center of mass is X1, Y1, Z1) through a nanotube named STACK(whose center of mass is X2, Y2, Z2). The final position of &nbsp;UNK is supposed to be around X3, Y3, Z3. I used the pull.ppa file as follows:</div>

<div><br clear="all">ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>group_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = UNK<br>reference_group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = STACK<br>reftype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = com<br>reflag&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>pulldim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Y Y Y</div>

<div>afm_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>afm_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1673<br>afm_dir1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;<span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: &#39;Times New Roman&#39;; mso-fareast-font-family: 华文新魏; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA">X3-X1, Y3-Y1, Z3-Z1</span></div>

<div><span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: &#39;Times New Roman&#39;; mso-fareast-font-family: 华文新魏; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA"></span>afm_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <font face="Times New Roman" size="3">0.0, 0.0 ,0.0</font></div>

<div><font face="Times New Roman" size="3"></font>&nbsp;</div>
<div><font face="Times New Roman" size="3">What make me confused is that when the UNK is pulled&nbsp;to the center of mass of&nbsp;the channel (nanotube),&nbsp;it begins to fluctuate around the center and doesn&#39;t go through the channel. Why&nbsp;could the UNK not be pulled forwards? How can i solve this problem? In addtion, do i use the correct options of afm_dir1 and afm_init1?</font></div>

<div>&nbsp;</div>
<div>Thank you very much!</div>
<div>Huifang</div>
<div><br><br>-- <br>Huifang Liu (Ph.D. Student)<br>School of Pharmacy<br>Fudan University<br><br>138 Yi Xue Yuan Rd. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Tel: (86-21)54237419 (O)<br>Shanghai, China, 200032 &nbsp; &nbsp; Cell phone: +86-13764669357<br>E-mail: <a href="mailto:huifangliu1985@gmail.com">huifangliu1985@gmail.com</a> Fax: (86-21)54237264<br>
</div>