<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><span style="font-weight: bold; color: rgb(0, 0, 127);">Hello,everyone!</span><br style="font-weight: bold; color: rgb(0, 0, 127);"><span style="font-weight: bold; color: rgb(0, 0, 127);">I have install <span>gromacs</span>4, but when I stury the tutor of gromacs, and input command "grompp -v in every examples", the err be engenderred as below:</span><br><br>li@localhost water]$&nbsp; grompp -v<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Go Rough, Oppose Many Angry Chinese Serial
 killers<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 4.0.4&nbsp; (-:<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out http://www.gromacs.org for more information.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public
 License<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; grompp&nbsp; (-:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------------<br>&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp.mdp&nbsp; Input, Opt.&nbsp; grompp input file with MD parameters<br>&nbsp;-po&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mdout.mdp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp input file with MD parameters<br>&nbsp; -c&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 conf.gro&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>&nbsp; -r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>&nbsp;-rb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Index file<br>&nbsp; -p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.top&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file<br>&nbsp;-pp&nbsp; processed.top&nbsp; Output, Opt. Topology file<br>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.tpr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Run input file: tpr tpb tpa<br>&nbsp; -t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Full precision trajectory: trr trj cpt<br>&nbsp; -e&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Energy file:
 edr ene<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------<br>-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit<br>-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<br>-[no]v&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Be loud and noisy<br>-time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Take frame at or first after this time.<br>-[no]rmvsbds bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Remove constant bonded interactions with virtual<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 sites<br>-maxwarn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of allowed warnings during input processing<br>-[no]zero&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set parameters for bonded interactions without<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; defaults to zero instead of generating an error<br>-[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Renumber atomtypes and minimize number of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atomtypes<br><br>Ignoring obsolete mdp entry 'title'<br>Ignoring obsolete mdp entry 'cpp'<br>Ignoring obsolete mdp entry 'domain-decomposition'<br>Replacing old mdp entry 'unconstrained-start'
 by 'continuation'<br>Ignoring obsolete mdp entry 'dihre-tau'<br>Ignoring obsolete mdp entry 'nstdihreout'<br>Ignoring obsolete mdp entry 'nstcheckpoint'<br><br>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2#<br><br>WARNING 1 [file grompp.mdp, line unknown]:<br>&nbsp; Unknown or double left-hand 'bd-temp' in parameter file<br><br><br>checking input for internal consistency...<br><br>NOTE 1 [file grompp.mdp, line unknown]:<br>&nbsp; The Berendsen thermostat does not generate the correct kinetic energy<br>&nbsp; distribution. You might want to consider using the V-rescale thermostat.<br><br>processing topology...<br>Opening library file /home/bai/workdir/gromacs4/share/gromacs/top/ffgmx.itp<br>Opening library file /home/bai/workdir/gromacs4/share/gromacs/top/ffgmxnb.itp<br>Opening library file /home/bai/workdir/gromacs4/share/gromacs/top/ffgmxbon.itp<br>Opening library file /home/bai/workdir/gromacs4/share/gromacs/top/ff_dum.itp<br>Opening library
 file /home/bai/workdir/gromacs4/share/gromacs/top/spc.itp<br>Generated 1284 of the 1485 non-bonded parameter combinations<br>Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'<br>processing coordinates...<br>double-checking input for internal consistency...<br>Velocities were taken from a Maxwell distribution at 300 K<br>renumbering atomtypes...<br>converting bonded parameters...<br>initialising group options...<br>processing index file...<br>Analysing residue names:<br>Opening library file /home/bai/workdir/gromacs4/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>There are:&nbsp;&nbsp; 216&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OTHER residues<br>There are:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; PROTEIN residues<br>There are:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DNA residues<br>Analysing Other...<br>Making dummy/rest group for Acceleration containing 648 elements<br>Making dummy/rest group for Freeze containing 648 elements<br>Making
 dummy/rest group for Energy Mon. containing 648 elements<br>Making dummy/rest group for VCM containing 648 elements<br>Number of degrees of freedom in T-Coupling group System is 1293.00<br>Making dummy/rest group for User1 containing 648 elements<br>Making dummy/rest group for User2 containing 648 elements<br>Making dummy/rest group for XTC containing 648 elements<br>Making dummy/rest group for Or. Res. Fit containing 648 elements<br>Making dummy/rest group for QMMM containing 648 elements<br>T-Coupling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 1 element(s): System<br>Energy Mon.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 1 element(s): rest<br>Acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 1 element(s): rest<br>Freeze&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 1 element(s): rest<br>User1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 1 element(s): rest<br>User2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 has 1 element(s): rest<br>VCM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 1 element(s): rest<br>XTC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 1 element(s): rest<br>Or. Res. Fit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 1 element(s): rest<br>QMMM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 1 element(s): rest<br>Checking consistency between energy and charge groups...<br><br>NOTE 2 [file grompp.mdp, line unknown]:<br>&nbsp; You are using a plain Coulomb cut-off, which might produce artifacts.<br>&nbsp; You might want to consider using PME electrostatics.<br><br><br>This run will generate roughly 1 Mb of data<br>writing run input file...<br><br>There were 2 notes<br><br>There was 1 warning<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.0.4<br>Source code file: gmx_fatal.c, line: 481<br><br>Fatal error:<br>Too many
 warnings (1), grompp terminated.<br>If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option.<br>-------------------------------------------------------<br><br><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold; color: rgb(0, 0, 127);">Who can help me to solve this problem?</span><br><br></td></tr></table><br>


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