<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear gromacs users,<br><br>I sent this e-mail as how someone can avoid an error that occured during a simulation. The solution I proposed was just increasing the tables extention parameter in the mdp file. The error concerned the bonded interactions and it had to do <span style="font-weight: bold;">with bad equilibration</span> resulting in an exploding system.<br><br>Trying to avoid that, I made the wrong assumption that the table extention parameter solved my problem, whereas my process to equilibrate the system was wrong.<br><br>Mr Berk Hess gave me some points so as to be able to find out that this wasn't the case. In the process some things were cleared to me, so if someone faces the following error or similar:<br>Fatal error:<br>25 of the 336080 bonded interactions could not be
calculated because some atoms involved moved further apart than the
multi-body cut-off distance (0.895 nm) or the two-body cut-off distance
(0.895 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see
option -ddcheck<br><br>then the equilibration is wrong. In my case the polymer chains I was dealing with, were not distributed well while I was trying to reduce the size of the box.<br><br>I hope that someone reading this e-mail will solve some of his or her querries. <br><br>Thank you.<br><br>Yours Sincerely,<br>Nikos<br><br>--- Claus Valka <i>&lt;lastexile7gr@yahoo.de&gt;</i> schrieb am <b>Mi, 4.3.2009:<br></b><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><b>Von: Claus Valka &lt;lastexile7gr@yahoo.de&gt;<br>Betreff: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions Gromacs 4.0.3<br>An: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Datum: Mittwoch, 4. März 2009, 16:12<br><br></b><div id="yiv652741671"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit;
 font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top"><pre>Hello,<br><br>the pair interactions I have are 1-4 and 1-5, meaning that they are <br>at most 4 bonds away. I have declared them one by one under <br>the pairs section.<br>I do not use any other pair interactions. <br><br>Thank you for your interest,<br>Nikos<br><br></pre><b></b><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;">--- Berk Hess <i>&lt;gmx3@hotmail.com&gt;</i> schrieb am <b>Mi, 4.3.2009:</b><br><br>Hi,<br><pre><br>So it is not a charge group problem then.<br><br>You also don't have pair interactions that act on much longer distances than atoms separated by 4 bonds?<br><br>Berk<br><br>Date: Wed, 4 Mar 2009 05:33:15 -0800<br>From: <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">lastexile7gr at yahoo.de</a><br>Subject: RE: [gmx-users] How to
 overcome Fatal error of bonded interactions<br>        Gromacs 4.0.3<br>To: <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">gmx-users at gromacs.org</a><br><br>--- Claus Valka <i>&lt;lastexile7gr@yahoo.de&gt;</i> schrieb am <b>Mi, 4.3.2009:</b><br><br>Hello,<br><br>by charge groups you are referring to charge group number (cgnr) in the topology file.<br>Every single atom in my chains belongs to a different charge group. My chains are polymer ones (identical) with 455 atoms each. A sample of my topology file is the following:<br><br>[ atoms ]<br> ; nr   type  resnr  residu  atom  cgnr  charge<br>    1    CH3      1   a1_pp     C1    1   0.000<br>    2    CH3      1   a1_pp     C2    2   0.000<br>    3        H      1   a1_pp     H3   <br> 3   0.000<br>    4        C      1   a1_pp     C4    4   0.000<br>    5        H      1   a1_pp     H5    5   0.000<br>    6        H      1   a1_pp     H6    6   0.000<br>    7      
  C      1   a1_pp     C7    7   0.000<br>...<br><br>I think that that way I do<br> not have big charge groups. My simulations seem reasonable using this notation. <br><br>Thank you,<br>Nikos<br><br>--- Berk Hess &lt;<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">gmx3 at hotmail.com</a>&gt; schrieb am Mi,<br> 4.3.2009:<br>Von: Berk Hess &lt;<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">gmx3 at hotmail.com</a>&gt;<br>Betreff: RE: WG: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions Gromacs 4.0.3<br>An: "Discussion list for GROMACS users" &lt;<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">gmx-users at gromacs.org</a>&gt;<br>Datum: Mittwoch, 4. März 2009, 14:00</pre>
<b><br><br></b>--- Berk Hess <i>&lt;gmx3@hotmail.com&gt;</i> schrieb am <b>Mi, 4.3.2009:</b><br><b><br>Von: Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>Betreff: RE: WG: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions Gromacs 4.0.3<br>An: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Datum: Mittwoch, 4. März 2009, 14:00<br><br></b><div id="yiv340993236">

<style>
#yiv652741671 #yiv340993236 .hmmessage P
{
margin:0px;padding:0px;}
#yiv652741671 #yiv340993236 {
font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</style>
<b>Hi,<br><br>The question is not if you are using electrostatics or not, but how large your charge groups are<br>(a better name for charge groups in Gromacs would be neighbor search groups).<br><br>The warning you get is for bonded interactions, but it will usually mean that your system<br>is exploding.<br>Because changing table-extension solved your problem, one guess would be that you have<br>too large charge groups, causing non-bonded interactions to be at a too long distance,<br>which makes your system explode, which in turn gives the bonded interaction error.<br><br>Berk<br><br></b><hr id="stopSpelling"><b>Date: Wed, 4 Mar 2009 03:48:33 -0800<br>From: lastexile7gr@yahoo.de<br>Subject: WG: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded        interactions Gromacs 4.0.3<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br></b><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit;
 font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top"><br><br>--- Claus Valka <i>&lt;lastexile7gr@yahoo.de&gt;</i> schrieb am <b>Mi, 4.3.2009:<br></b><blockquote style="margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><b>Von: Claus Valka &lt;lastexile7gr@yahoo.de&gt;<br>Betreff: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions Gromacs 4.0.3<br>An: "Berk Hess" &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>Datum: Mittwoch, 4. März 2009, 12:47<br><br></b><div id="EC_yiv1174951385"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit;" valign="top">Dear Sir Berk,<br><br>Thank you for your quick response.. I simulate a system which has 80 chains in total each having 455 atoms. I do not use any
 electrostatics. The box size vary in each direction with the biggest dimension to be less than 30nm. <br><br>The function I'm using is switch. The cut-off I'm using is 0.895nm. I also have frozen the 64 chains in freezegrps option in the mdp file in all directions. Judging from what you are telling me, I deduce that I correctly assign the table-extension parameter big enough. I'm not interested in taking into account LJ interactions (either pairs or not) that are more than my cut-off distance. So not even to mention in a distance bigger than: table-ext+cut off.<br><br>Also reading again the error it is referring to bonded interactions...<br><br>Yours SIncerely,<br>Nikos<br><br>--- Berk Hess
 <i>&lt;gmx3@hotmail.com&gt;</i> schrieb am <b>Mi, 4.3.2009:<br></b><blockquote style="margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><b>Von: Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>Betreff: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions Gromacs 4.0.3<br>An: lastexile7gr@yahoo.de<br>Datum: Mittwoch, 4. März 2009, 12:21<br><br></b><div id="EC_yiv1959079355">

<style>
#yiv652741671 #yiv340993236 .ExternalClass #EC_yiv1174951385 #EC_yiv1959079355 .EC_hmmessage P
{padding:0px;}
#yiv652741671 #yiv340993236 .ExternalClass #EC_yiv1174951385 #EC_yiv1959079355
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</style>
<b>Hi,<br><br>table-extension affects the tables for both pair and non-bonded ionteractions.<br>non-bonded interactions use tables when you use, shift, switch, PME or user potentials.<br><br>You are not by chance simulating large molecules which consist of a single charge group<br>or of very large charge groups?<br><br>Berk<br><br></b><hr id="EC_stopSpelling"><b>Date: Wed, 4 Mar 2009 03:12:19 -0800<br>From: lastexile7gr@yahoo.de<br>Subject: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions        Gromacs 4...0.3<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br></b><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit;" valign="top"><div id="EC_EC_yiv174728022">Hello,<br><br>the system I'm referring at is an already equilibrated one.. Before, I had already made steepest
 descents. <br><br>You are correct that I have non-bonded interactions at distances that are more than cut-off+table ext distance. I used to put table ext very bin in contrast to my box. My system box was something less than 5nm before and table-ext was 5nm at the time. Now that I simulate a much bigger system than before (in one dimension 6 times bigger), I realized that I had to increase also this parameter.<br><br>Since this parameter affects only the pairs interactions I do not see the reason why my simulations are affected by it, even if it is already big enough (5nm in a 30nm box). My pairs interactions are (should) not (be) more that 1nm far away..<br><br>I had extensively tested this parameter in gromacs 3, and I saw that it
 affects the pairs interactions only. So I decided to increase it very much and not bother with it.<br><br>Is there any difference in newest versions? Does it affect anything more?<br><br>Thank you,<br>Nikos<br><br><br>--- Berk Hess <i>&lt;gmx3@hotmail.com&gt;</i> schrieb am <b>Mi, 4.3.2009:<br></b><blockquote style="margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><b>Von: Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>Betreff: RE: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions Gromacs 4.0.3<br>An: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs..org&gt;<br>Datum: Mittwoch, 4. März 2009, 9:23<br><br></b><div id="EC_EC_yiv779874946">

<style>
#yiv652741671 #yiv340993236 .ExternalClass #EC_yiv1174951385 #EC_yiv1959079355 .EC_ExternalClass #EC_EC_yiv174728022 #EC_EC_yiv779874946 .EC_EC_hmmessage P
{padding:0px;}
#yiv652741671 #yiv340993236 .ExternalClass #EC_yiv1174951385 #EC_yiv1959079355 .EC_ExternalClass #EC_EC_yiv174728022 #EC_EC_yiv779874946
{font-size:10pt;font-family:Verdana;}
</style>

<b> 



Hi,<br><br>Your solution seems to indicate that your system is unstable.<br>My guess is that your system was not well equilibrated and at some point<br>some non-bonded interactions were at a distance of more than cut-off+tab_ext.<br>That would make your system explode. In that case increasing tab_ext to 2 nm<br>should also suffice.<br><br>Berk<br><br><br></b><hr id="EC_EC_stopSpelling"><b>Date: Tue, 3 Mar 2009 08:33:52 -0800<br>From: lastexile7gr@yahoo.de<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] How to overcome Fatal error of bonded interactions        Gromacs 4.0.3<br><br></b><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit;" valign="top"><div id="EC_EC_EC_yiv1766533448">Hello,<br><br><br><br>this has to do with my personal experience of using Gromacs version
 4.0.3. So this is not an
 official response.<br><br>The story:<br><br><br>While I was trying to run an NVT simulation in a monoclinic box I encountered the following problem:<br><br><br>Fatal error:<br>25 of the 336080 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (0.895 nm) or the two-body cut-off distance (0.895 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck<br><br><br><br><br>and the:<br>Not all bonded interactions have been properly assigned to the domain decomposition cells<br><br>Trying to put aside the fact that my system had any bug I found in the net the
 following:<br>http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2008-January/002373.html<br><br>In order to overcome this error I increased the value of<br>table-extension&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30<br>in my mdp file in such a way, as to be bigger from my biggest dimension I had in my system. The ran proceeded (until now that I'm writing this e-mail) without any problem.<br><br>This value has to do with the cut-off of pairs1-4 LJ interactions and is calculated in nm.<br><br>JFYI<br>Regards,<br>Nikos<br><br><br><br></div></td></tr></tbody></table><b><br><br></b><hr><b>See all the ways you can stay connected <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx">to friends and family</a> 
</b></div><pre><b>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</b></pre></blockquote></div></td></tr></tbody></table><b><br><br></b><hr><b>What can you do with the new Windows Live? <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx">Find out</a> 
</b></div></blockquote></td></tr></tbody></table><b><br>


      </b></div></blockquote></td></tr></tbody></table><b><br><br></b><hr><b>Express yourself instantly with MSN Messenger! <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/">MSN Messenger</a> 
</b></div><pre><b>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</b></pre></blockquote></td></tr></tbody></table><b><br>


      </b></div><pre><b>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</b></pre></blockquote></td></tr></table><br>