<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"><pre><i>Dear Users,<br><br>I'm new to Gromacs. Before I try to generate a box of 100 molecules, I wanted to ask it to the users. <br>Can I get a box of 100 molecules that are randomly </i><i>distributed</i> <i>and not attached to each other using the commands below? <br>If there are something wrong in commands please share your valuable suggestions with me. <br><br>Thanks in advance<br></i><i><i><br>Adrien<br><br>pdb2gmx -f mol.pdb -o mol.gro -p mol.top -i mol.itp ( then chose suitable force field )<br></i></i><i><i><br></i></i><i><i><i><i><i><i><i><i>genbox</i></i></i></i></i></i></i></i><i><i> </i></i><i><i><i><i><i><i><i><i>-ci</i></i></i></i></i></i></i></i><i><i> mol.gro </i></i><i><i><i><i><i><i><i><i>-nmol 100</i></i></i></i></i></i></i></i> <i><i>-o 100mol.gro </i></i><i><i><i><i>-p
100mol.top</i></i></i></i> <i><i><i><i><i><i><i><i>-box 12 12 12</i></i></i></i></i></i></i></i><i><i><br><br></i></i>
<br></pre></div><br>
</body></html>