I am performing grompp for md simulation after position restrained MD. Before final md simulation by grompp I have made pr.ndx file and did necessary corrections in it to insert added Na+ to be counted properly. But after running the following command - <br>
<br>grompp -f md.mdp -c pr.gro -p scr8.top -o md.tpr<br><br>the output came:<br><br>Ignoring obsolete mdp entry &#39;title&#39;<br>Ignoring obsolete mdp entry &#39;cpp&#39;<br><br>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.3#<br>
checking input for internal consistency...<br>processing topology...<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1.itp<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1nb.itp<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1bon.itp<br>
Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ff_dum.itp<br>Generated 279 of the 1225 non-bonded parameter combinations<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/spc.itp<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ions.itp<br>
Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;Protein_A&#39;<br>turning all bonds into constraints...<br>Excluding 2 bonded neighbours molecule type &#39;SOL&#39;<br>turning all bonds into constraints...<br>Excluding 1 bonded neighbours molecule type &#39;NA+&#39;<br>
turning all bonds into constraints...<br>processing coordinates...<br>double-checking input for internal consistency...<br>Velocities were taken from a Maxwell distribution at 300 K<br>renumbering atomtypes...<br>converting bonded parameters...<br>
initialising group options...<br>processing index file...<br>Analysing residue names:<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>There are:  2670      OTHER residues<br>There are:    28    PROTEIN residues<br>
There are:     0        DNA residues<br>Analysing Protein...<br>Analysing Other...<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.0.2<br>Source code file: readir.c, line: 1050<br>
<br>Fatal error:<br>2 atoms are not part of any of the T-Coupling groups<br>-------------------------------------------------------<br>  <br>Even the .top file was also modified to include extra Na+. <br><br><br>Please help to get a solution.<br>
<br><br>Chitrita..<br>