Hi Tsjerk,<br><br>Did you mean to send you the md.mdp file that I used to run grompp for md simulation? I am using Gromacs 4.0.2 versision. I am not very clear about the parameters used in mdp files. So I am sending the mdp file here. <br>
<br><br>cpp                 =  /usr/bin/cpp<br>constraints         =  all-bonds<br>integrator          =  md<br>dt                  =  0.002  ; ps !<br>nsteps              =  500000  ; total 1000 ps.<br>nstcomm             =  1<br>
nstxout             =  500    ; collect data every 1 ps<br>nstvout             =  0<br>nstfout             =  0<br>nstlist             =  10<br>ns_type             =  grid<br>rlist               =  1.0<br>coulombtype         =  PME<br>
rcoulomb            =  1.0<br>vdwtype             =  Cut-off<br>rvdw                =  1.4<br>;fourierspacing    =  0.12<br>;fourier_nx        =  0<br>;fourier_ny        =  0<br>;fourier_nz        =  0<br>pme_order         =  4<br>
;ewald_rtol        =  1e-5<br>;optimize_fft            =  yes<br>; Berendsen temperature coupling is on<br>Tcoupl                =  V-rescale<br>tau_t                 =  0.1    0.1<br>tc_grps               =  Protein    SOL<br>
ref_t                 =  300        300<br>; Pressure coupling is on<br>Pcoupl              =  Parrinello-Rahman<br>tau_p               =  0.5<br>compressibility     =  4.5e-5<br>ref_p               =  1.0<br>; Generate velocites is on at 300 K.<br>
gen_vel             =  yes<br>gen_temp            =  300.0<br>gen_seed            =  173529<br><br><br>