<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">


        <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"><title></title><meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.3  (Linux)">
        
        
        <style type="text/css">
        <!--
                @page { size: 21cm 29.7cm; margin: 2cm }
                P { margin-bottom: 0.21cm }
        -->
        </style>

<p style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier New, monospace"><font size="2">Dear
All,</font></font></p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier New, monospace"><font size="2"><br>I'm
new to Gromacs and have some questions to learn the answers. I study
on one type molecule.  If I want to add lets say 240 molecules, which
is the best way to use editconf or genbox ? And I learned the
procedure of using more than one type of molecules in gromacs. But
I'm not sure, so I'm waiting for your contributions. Assume that I
have two small organic molecules like hydrocarbons X and Y. I think
First I will have to  get seperately DRGGMX.ITP and DRGPOH.PDB for
the each molecules in different work directories. Then chose one
directory ( X ) and do the operations like in ''GROMACS Tutorial for
Drug – Enzyme Complex'' Then in this command </font></font>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier New, monospace"><font size="2">genbox
–cp X.pdb –cs Y.pdb –o gmx.pdb –p gmx.top </font></font>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier New, monospace"><font size="2">After
I get gmx.pdb gmx.top  files I will add #include “Y.itp” and
editing the number of Y molecule and go on ..</font></font></p><p style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier New, monospace"><font size="2"><br> </font></font>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier New, monospace"><font size="2">Could
you please help me to learn the true process of  using more than one
type of molecules in gromacs ? </font></font>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier New, monospace"><font size="2">Sincerely</font></font></p>
</td></tr></table><br>