<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Gromacs Users,<br><br>I am trying to simulate a protein whose Thr residues is phosphorylated. <br>I did the following based on the earlier query regarding the same<br>----<br><pre>... here is how I did it for phosphorylated Threonine.<br><br><br>1) open the appropriate .rtp file e.g. ffG43a1.rtp<br>2) make a copy of the existing entry for the residue<br>you want to phosphorylate it.<br><br>here are the notes I made as I did it...comments<br>welcome if anyone<br>doesnt like how I did it!<br><br>; TPO which follows is phosphorylated Threonine and<br>was derived thus:<br>; 1) take THR entry<br>; 2) add P, O1P, O2P, O3P atoms<br>; 3) remove HG1 atom<br>; 4) assign partial charges to give an overall<br>molecule -2 charge<br>;     with this charge localised on the Phosphate<br>group.<br>; 5) add bonds for OG1 to P and the OxPs. took bond<br>tpyes from [ DADE
 ]<br>; 6) likewise took angle types from [ DADE ]<br>; 7) removed final dihedral which contained H1 (had<br>considered changing<br>it for<br>;     P but dont want to limit Phoshphate group too<br>much)<br><br>3) you will need to add the new residue to the file<br>aminoacids.dat if<br>you want the residue to be recognised as part of the<br>protein in<br>subsequent analysis. Make sure you increment the count<br>on the top line<br>of aminoacids.dat. dont put any comments in<br>aminoacids.dat becuase it<br>has unpredictable effects on results.<br>4) update the hydrogen database entry too if you are<br>expecting pdb2gmx<br>or protonate to work properly.<br><br>I *think* that was it...!<br>...<br>Paul Barrett<br><br>----<br><span style="font-weight: bold;">but i get the following error<br> * * * * * <br></span>Generated 380 of the 1326 non-bonded parameter combinations<br>ERROR 0 [file "top_A.itp", line 16530]:<br>  No default Proper Dih. types<br>ERROR 0
 [file "top_A.itp", line 16531]:<br>  No default Proper Dih. types<br>Excluding 3 bonded neighbours for Protein_A 1<br>Excluding 3 bonded neighbours for Protein_B 1<br>NOTE:<br>  System has non-zero total charge: -1.999996e+00<br><br>processing coordinates...<br>double-checking input for internal consistency...<br>renumbering atomtypes...<br>converting bonded parameters...<br>#   G96BONDS:   5789<br>#  G96ANGLES:   8462<br>#      PDIHS:   3040<br>#      IDIHS:   2893<br>#       LJ14:   9248<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 3.3.2<br>Source code file: grompp.c, line: 1182<br><br>Fatal error:<br>There were 2 errors in input file(s)<br>-------------------------------------------------------<br><br>"Ich Bin Ein Berliner" (J.F. Kennedy)<br>* * * * * * <br><br>Kindly advice<br>nahren<br><br></pre><br></td></tr></table><br>